Toen dan ook de plannen van het Koloniaal Instituut zich tot een verder stadium ontwikkelden en de kwestie van de keuze van een geschikt terrein aan de orde kwam, werd een regeling getroffen, waarbij de gemeente Amsterdam een stuk grond in de nabijheid van andere laboratoria, van Artis en den Hortus Botanicus, in erfpacht gaf, benevens een schenking in eens en een jaarlijksch subsidie, onder voorwaarde, dat het Koloniaal Instituut voor één ton (later verhoogd) zou bijdragen in de bouwkosten van een tropisch hygiënisch Instituut en jaarlijks zou vergoeden de door de gemeente aan die inrichting besteede kosten. Om utiliteitsredenen (o.a. de kwestie van besmettingsgevaar) werd besloten, het hygiënisch Instituut niet onder één dak te brengen met de overige afdeelingen van het Koloniaal Instituut, doch het gebouw te zetten op den zuidwestelijken hoek van het beschikbaar gestelde terrein. Na de benoeming van Dr. J.J. van Loghem tot directeur der afdeeling Tropische Hygiëne van het Koloniaal Instituut (1 Juni 1912) werden door dezen in samenwerking met Prof. Saltet de bouwplannen in groote trekken ontworpen, waarnaar een definitief plan door Publieke Werken is opgemaakt en uitgevoerd. In 1913 werd intusschen een begin van uitvoering gegeven aan plannen voor den bouw van een Instituut met gehoorzalen, cursuslokalen, boekerij, bureaux, laboratoria, werkkamers en een groot museum voor de twee andere afdeelingen: Handelsmuseum en Volkenkunde, die met de afdeeling Tropische Hygiëne de onderdeelen van de nieuwe stichting zouden vormen. In die bouwplannen nu (de bouw was opgedragen aan de architecten J.J. en M.A. van Nieukerken) teekent zich ook buiten die van de laatstgenoemde afdeeling een nadere samenwerking af van Instituut en Universiteit. Bij de inrichting der boekerij werd te rade gegaan met de Universiteitsbibliotheken, die met hun ervaring over methodes van indeeling en uitleening tot voorbeeld konden
strekken voor de jonge instelling. In de afdeelingsgebouwen van Handelsmuseum en Volkenkunde werden kamers geprojecteerd, die gastvrijheid zouden verleenen aan studeerenden voor examens en promoties over koloniale onderwerpen. In den loop der enkele jaren sinds de openstelling van het gebouw werd hiervan reeds veelvuldig gebruik gemaakt.
Omgekeerd stond de aula der Universiteit, vóórdat de bouw van het Koloniaal Instituut gereed was, herhaaldelijk ter beschikking van de sprekers, die vanwege het Instituut voordrachten hielden.
Met den bouw van het Instituut werd intusschen, ondanks de als een gevolg van den grooten oorlog ondervonden moeilijkheden en vertraging, voortgegaan; in 1923 kon dan ook in het museum reeds een tentoonstelling worden gehouden ter gelegenheid van de feesten ter eere van het regeeringsjubileum van H.M. de Koningin. Het museum en de andere lokaliteiten werden in 1926 definitief in gebruik genomen en de afdeelingen, die eerst in verschillende gebouwen van Amsterdam gehuisvest waren geweest, betrokken het nu voltooide nieuwe instituutsgebouw aan de Mauritskade en de Linnaeusstraat. De werking der verschillende afdeelingen kon zich nu verder ontplooien in de richtingen, waarin zij zich reeds gedurende de tijdelijke huisvesting had ontwikkeld.
De afdeeling Tropische Hygiëne had in 1917 haar gebouw kunnen betrekken en de samenwerking met de Universiteit was voor deze afdeeling daarmede bezegeld. ‘De Vereenigde Boekerijen’, ondergebracht in dit gebouw, bevatten de werken op hygiënisch gebied, behoorend aan de Universiteitsbibliotheek en de boeken en tijdschriften der afdeeling Tropische Hygiëne.
De verschillende groepen van medici, voor wie het Instituut voor Tropische Hygiene bedoeld was (nl. de artsen, die zich voorbereiden voor tropen-werk, de inlandsche artsen, die in Nederland hun studiën voltooien, en de artsen, die, met verlof uit de Koloniën, zich in het moederland op de hoogte wenschen te stellen van de nieuwste onderzoekingen), al deze groepen vonden gastvrijheid in het nieuwe Instituut. Promovendi werkten voor hun dissertatie in de laboratoria van het gecombineerde gebouw, een enkel proefschrift verscheen zelfs als ‘Mededeeling’ der afdeeling Tropische Hygiëne van het Koloniaal Instituut. De laboranten van Tropische Hygiëne hadden toegang tot de klinische lessen