de twee mortieren (bombardes), door de Vlaamse verluchters in de randversieringen ingewerkt, zijn overdekt, gedoofd of door koninklijke emblemen vervangen. Alleen op de rand van enkele boeken is de kenspreuk van Gruuthuse Plus est en vous nog leesbaar. De figuren zelf van de miniaturen werden niet gespaard. De Geographia van Ptolemaeus bevat een prachtige miniatuur, op volle folio, waarop Lodewijk van Gruuthuse voorgesteld wordt, geknield voor het altaar van zijn slotkapel. De kop van de kasteelheer werd echter overschilderd met de kop van Lodewijk XII, het wapen en de initialen van de ridder zijn overdekt met de gekroonde L's en de leliën van de koning. Op een andere miniatuur in hetzelfde boek zijn de blazoenen op de vier banieren van het kasteel van Oostkamp uitgeschilderd.
Opmerkelijk is dat Lodewijk XII deze annexatie van de Gruuthusehandschriften zo consequent heeft doorgevoerd, wat hij met andere collecties niet gedaan heeft.
Op de 160 bekende boekdelen - omvattend een 115 tal verschillende werken - van de Gruuthuse-librije zijn er 149 via de Bibliothèque du Roi in de tegenwoordige Bibliothèque Nationale terechtgekomen. De overige 11 zijn verspreid in de bibliotheken van Brussel, Génève, Berlijn, Londen, Rennes, Turijn en bij een paar private bezitters. In de beroemde bibliotheek van de Enschedé's te Haarlem waren er drie handschriften waarvan in de auctiecatalogus (1867) gezegd wordt dat ze van la noble famille des Gruythuyse herkomstig waren. C.P. Serrure bezat een handschrift dat in de catalogus van zijn auctie in 1873 beschreven wordt als: Die Historie van Troye: in vlaemse proza naer het rijmwerk van Maerlant; op de keerzijde van het eerste blad stond te lezen: die heeren van Gruuthuse, prince van Steenberghe.
Niet alle handschriften zijn van ouds in de Bibliothèque du Roi overgegaan. De driedelige Forteresse du Roi, een rijk geïllustreerd werk uit de 15e eeuw dat het wapen van Gruuthuse draagt, werd eerst in de 18e eeuw door de Bibliothèque du Roi aangeworven uit de collectie van de hertog de la Vallière; deze had het zelf uit de bibliotheek van de familie d'Urfé aangekocht. Ook het tractaat van Gaston Phoebus over het jachtbedrijf, dat tegenwoordig in de Stadsbibliotheek van Geneve berust en het ex-libris van Gruuthuse draagt, heeft nooit tot de Bibliothèque du Roi behoord.
De handschriften door Heer Loys de la Gruythuyse verzameld, werden voor het grootste deel - 85 op de 106 werken - op zijn order door boecscrivers gecopieerd en door miniaturisten verlucht. Sommige werden door hem splinternieuw op de markt van zijn tijd aangekocht. De Ptolomaeus en de Boethius werden uitgevoerd op bestelling door de boecscrivere Jan van Kriekenborch te Gent. Een twintigtal werken uit de 14e eeuw werden door Lodewijk antiquarisch aangekocht, vooral tractaten over romeins en kerkelijk recht en enkele Franse ridderromans. Op deze tweedehandse werken liet hij meestal zijn wapen als ex-libris aanbrengen, slechts bij uitzondering dragen deze nummers zijn kenspreuk en de emblematische donderbussen die de boeken van eigen bestelling versieren.
De Librije van Gruuthuse bestond bijna uitsluitend uit Franse teksten, waaronder een groot aantal vertalingen uit het latijn. Op de 106 werken in de Bibliothèque Nationale zijn er drie latijnse en één enkel latijns-nederlands: de Boethius. Deze samenstelling weerspiegelt de verfransing van de Vlaamse adel onder de Boergondiërs. Toch zullen dietse boeken nog een bescheiden plaats in de collectie van Lodewijk van Gruuthuse hebben gehad. De Koninklijke Bibliotheek te Brussel bezit inderdaad drie nederlandse Gruuthuse-manuscripten: een ervan, Ons Heren joncheit, geschreven in 1470, werd mogelijk door Lodewijk zelf besteld; de Epistelen ende Evangeliën (geschreven ca. 1400) en het Boec vanden Kerstene levene (geschreven in 1413) zijn minder luxueuze boeken en waarschijnlijk familiestukken die ons zeggen dat de Gruuthuse's in het begin van de Boergondische eeuw de vroomheid nog in het diets beoefenden. En ten slotte getuigt het verder te bespreken Gruuthuse-handschrift uit de 14e eeuw dat de vader en grootvader van here Loys, naast het gebed, ook het lied en de sproke in hun landstaal hadden behouden. Op hun schitterende tornooien, o.m. op het grote steekspel van 1393, werden gedichten en liederen in de volkstaal gezongen en voorgedragen. Het handschrift bewaarde ons de strofen waarin de dichter wijze raadgevingen richt tot de Coninc van den witten Beer en tot die blomkin van Brucghe. De naam van sommige van die blomkin schemert door aan 't begin der strofen van een loflied tot Maria en heeft een volle dietse klank: Lievin, Soete, Cateline, Gheraert, Jannin, Trude, Rublin, Adriaen, Willem, Makelare, Coppin en ten slotte Jan van Hulst. Ook het gedicht ter ere van Jan van Gruuthuse, Loys' vader, als Coninc van de Forestiers van den Witten
Beer op het tornooi van 1393, is in dit handschrift opgenomen.
De faam van de Gruuthuse-collectie ligt vooral in de pracht van de boekillustratie door de beroemdste Nederlandse verluchters van de 15e eeuw uitgevoerd.
Aan de beroemde Alexander Bening wordt de illustratie van niet minder dan zeven werken toegeschreven, waaronder de Boethius van 1492 en de tweedelige Josephus (Antiquités des Juifs) van 1480-1483. Op de naam van Philippe de Mazerolles staan de Conquête de la Toison d'or en de Livre des secrets d'Aristote. De vierdelige Miroir historial (Vincent de Beauvais) en de Légende de Sainte Catherine zijn het werk van Willem Vrelant, de Livre du Trésor van dezelfde of van een zijner leerlingen. In een deel van de Miroir de l'humaine Salvation herkent men de hand van de grote Tavernier. De heerlijke Froissart en de Somme rurale zijn geïllustreerd door Loyset Liedet. De Meester van Margareta van York is de verluchter van de Vie de Saint Hubert en L'horloge de Sapience.
Een onbekend miniaturist is in de kunstgeschiedenis ingetreden als de Meester van Lodewijk van Gruuthuse. Zijn hand zoekt men in verschillende codices van het