Duitsers op 18 juli 1940 een verordening uitvaardigden, waarbij iedereen die naar Frankrijk gevlucht was, de toelating van de Militärverwaltung nodig had om opnieuw in dienst te komen. Toen men deze verordening ook wou toepassen op professoren van de Leuvense universiteit, onderhandelden de Leuvense rector, Mgr. Van Waeyenbergh, en kardinaal Van Roey om de toepassing van deze verordening te neutraliseren. Geen enkele lijst met benoemingen werd naar de bezetter gestuurd. Dat daarop geen sancties volgden, maakt duidelijk hoe sterk de Miltärverwaltung rekening hield met de positie van de Kerk. Het wantrouwen van de bezetter was ondermeer ingegeven door de veroordeling van het ‘bruine bolsjewisme’ in de katholieke bladen van vóór de oorlog. Bovendien stelde de Kerk alles in het werk om haar goed uitgebouwde jeugdorganisaties ongehavend door de bezetting te loodsen. Daardoor behoedde de Kerk vele jongeren voor de aantrekkingskracht van allerlei Nieuwe Orde-organisaties. Kort na de capitulatie, namelijk op 4 augustus 1940, hadden de bezettingsautoriteiten al gewaarschuwd voor de ‘onbetrouwbaarheid’ van de katholieke jeugdorganisaties.
De katholieken die in de collaboratie terecht kwamen, konden zeker niet op de steun van de kerkelijke gezagsdragers rekenen. In een herderlijke brief van 7 oktober 1940 schreven de bisschoppen het volgende: ‘Zonder twijfel is het noodzakelijk de bezettende autoriteit als een feitelijke macht te erkennen en er aan te gehoorzamen binnen de limieten van de internationale conventies, maar het Belgisch vaderland blijft bestaan, en al haar kinderen moeten haar trouw zijn en bijstand verlenen. Zorg ervoor dat uw gedrag dus in alle omstandigheden correct en waardig is, zodat u zich in geweten niet hoeft te berouwen of te schamen!’
De Kerk trachtte zich dus zo goed mogelijk aan de nieuwe situatie aan te passen. De bezetter werd zoveel mogelijk ontzien, maar het VNV kon van in den beginne niet op enige toegeeflijkheid rekenen. Voor Rex lagen de zaken enigszins anders. Tenslotte werd Rex door de kerkleiders als een katholieke ‘dissidentie’ beschouwd, die zij vóór de oorlog het liefst naar de katholieke schaapsstal hadden teruggeleid. Dit belet niet dat, toen Degrelle de zaken op de spits dreef en in 1937 tussentijdse verkiezingen uitlokte in Brussel, Van Roey de Rex-beweging scherp veroordeelde. In het verlengde van zijn aarzelende houding vóór de bezetting ontving de kardinaal Degrelle in september 1940. Van Roey maakte geen bezwaar tegen het herverschijnen van ‘Le Pays Réel’, maar verzette zich tegen het voornemen van de Rex-leider om de katholieke jeugdbewegingen in te palmen. Toen drie maanden later in ‘Le Pays Réel’ de positie van de Kerk in het maatschappelijk leven heftig werd aangevallen, verdwenen evenwel de laatste illusies van de kardinaal en de bisschoppen in een modus vivendi met Degrelle. Een jaar later veroordeelde Van Roey zeer uitdrukkelijk de medewerking van de katholieken aan de uitbouw van een nationaal-socialistisch regime in België. Dit gebeurde op een studiedag van de Franstalige vrouwelijke katholieke jeugd op 18 juli 1941.
In collaboratiemiddens was men na de inval in de Sovjetunie sterk ontgoocheld over de afwijzende houding van de Kerk in verband met de campagne voor het Oostfront. Zelfs al riepen Oostfronters religieuze motieven in, op de steun van de Kerk hebben ze nooit kunnen rekenen. Het was van meet af aan duidelijk dat de Kerk hun beslissing niet goedkeurde. Dit gaf aanleiding tot agressieve oprispingen in bladen als ‘Volk en Staat’, ‘De Nationaal-Socialist’, ‘Volksche Aanval’, ‘Balming’, enz. Onder de titel ‘Gloria in excelsis’ ging ‘Balming’ op 18 juli 1943 te keer tegen ‘onze anglobolsjewistische pastoorkens’: ‘Ze weigeren niet alleen zielediensten op te dragen aan hen die aan het Oostfront strijden, maar anderzijds laten zij grootse, geestelijke kerkelijke diensten doorgaan voor de Anglo-Amerikaanse moordenaars met verschillende priesters, een massa volk (uit alle dorpen van het omliggende), bergen bloemen, schitterende redevoeringen, krokodillentranen en de vererende aanwezigheid van hooggeplaatste personaliteiten’.
Al van bij het begin van de bezetting stond de collaboratiepers bol van scherpe aanvallen tegen de ‘meest verpolitiekte geestelijkheid ter wereld’ (Le Soir). De ‘SSMan’ bracht al op 27 december 1940 het relaas van een incident in de Barnabietenkerk in Ukkel en besloot als volgt: ‘Zover is de driestheid nu gekomen dat dienaars der kerk van het misoffer gebruik maken om de gelovigen tegen het Duitse gezagsappa-