oorlogen die over Maastricht hebben gewoed, heeft de Sint Pietersberg vele malen gediend als toevluchtsoord voor de benarde burgers. Dat was ook het geval in de Tweede Wereldoorlog. De berg is in 1943-1944 door de autoriteiten ingericht om vrijwel de gehele Maastrichtse bevolking te kunnen herbergen als het tot een gedwongen evacuatie zou komen: er was een bakkerij, een (water)pompstation voor eigen watervoorziening, een ziekenhuis en een kapel met een niet afgemaakte kruisweg van de bekende kunstenaar Jerôme Goffin. Alle Maastrichtenaren hadden een kaart ontvangen met de nummers van de secties waarin ze zouden moeten verblijven mocht het inderdaad tot evacuatie komen. De Nachtwacht en nog meer kunstschatten lagen er in een kluis overigens met medeweten van de Duitsers.
De berg diende toen ook, evenals tijdens vorige oorlogen, als onderkomen voor verzetsstrijders en voor mensen, onder meer joden en piloten, die vanuit Nederland naar België werden gesmokkeld via het beroemde Smokkelaarsgat, dat een verbinding was tussen de stelsels Slavante en Zonneberg. De Duitse bezetter heeft zich, naar verluidt, nooit in de berg gewaagd of het moest zijn met behulp van gidsen, die hun dan allerlei smoesjes op de mouw speldden. In het Zuidelijke Gangenstelsel is trouwens ook een vleermuizenverblijf, waar de diertjes hun winterslaap houden en waar ze bevallen van hun jongen: reden om het aantal rondleidingen in de winter te beperken. Ook werden er in verschillende delen van de berg champignons, Brussels lof en Cardoen gekweekt.