Nu gaf hij maar zelden nog les. Schitterend was zijn voordracht nooit geweest, maar met uiterst fijnen takt wist hij steeds de zuiver-katholieke leer voor te stellen en al de schakeeringen der dwaling op te sporen.
Nu was Perrone bezig aan een laatste groot werk: ‘De Domini Nostri Jesu Christi divinitate adversus hujus aetatis incredulos, rationalistas et mythicos libri tres’. En zijn waardigheid van rector en geleerde was voor Herman thans nog verhoogd door het ambt van Pauselijk theoloog voor 't aanstaande Concilie, dat aan Perrone was opgedragen. 't Bleek ook den rector algauw dat die jonge Hollander zich niets liet afschrikken door de negen deelen Praelectiones, en dat de eene bundel na den anderen van dit neo-scholastieke modelwerk werd opgenomen in dat heerlijk uitgerust intellect.
Telkens bracht Perrone, ten overstaan van Schaepman zoowel als van andere talentvolle jongens, waarschuwend het voorbeeld van zijn oud-vriend Passaglia te pas. Ze waren lange jaren samen in de orde geweest, en veel hadden ze samen geredetwist. Maar Passaglia was in liberaal-politieke strevingen verward geraakt, en eindelijk, in 1858, had hij de orde verlaten. Hoe jammer! de heerlijke schrijver van de Ecclesia Christi, de godvruchtige verzamelaar van De immaculato Dei-parae Virginis conceptu, de schrandere polemist van La vita di Gesu, scritta da Ronan, discussa e confutata was nu de wereldlijke heerschappij van den Paus aan 't bestrijden, en bracht het nu met zijn Roomsch-Katholiek geweten overeen, een gewaagde Moraal-philosophie aan de universiteit te Turijn te doceeren. Perrone bad en deed bidden voor zijn weerspannigen vriend. De brave rector beleefde 't wel niet, maar later heeft zich Passaglia volkomen met Paus Leo verzoend.