nooit een militaire opleiding had gehad, bezag het presidentiële bevel uit militair disciplinair oogpunt; Sukarno uit de zuiver politieke hoek.
Er ontstond een verschil van inzicht. Suharto vroeg om een schriftelijk bevel. Dit irriteerde Sukarno in hoge mate. Volgens biograaf Roeder zou de president hebben gezegd: ‘Ik geef hier de orders.’
Suharto keerde naar zijn hoofdkwartier terug en legde het presidentiële bevel naast zich neer. In plaats van hem te arresteren nodigde hij Sudarsono uit naar zijn hoofdkwartier te komen om de zaak te bespreken. Nadat hij de generaal had uitgehoord en zich een beeld van de situatie had gevormd, kwam hij blijkbaar tot de conclusie dat Sukarno gelijk had. Toch arresteerde hij zijn chef niet. Hij verried generaal-majoor Sudarsono's voornemen naar Sukarno te gaan aan functionarissen van het paleis, zodat deze bij aankomst aldaar door de lijfwacht van de president werd ingerekend.
Suharto speelde toen al - in 1946 - zijn eigen spel, ongeacht het bevel van het hoogste gezag in de republiek, de president. Uit deze tijd dateert dan ook Sukarno's achterdocht jegens Suharto, welke op 1 oktober 1965, het hoogtepunt van de staatsgreep en een beslissend moment in de geschiedenis van Indonesië, van doorslaggevend belang zou blijken te zijn.
Ook ná de confrontatie met Sukarno in 1946 bouwde Suharto gestadig aan zijn militaire carrière. Op 26 december 1947 trad hij in het huwelijk met een door de familie aangewezen meisje, Siti Hartinah. Er werden zes kinderen geboren, drie jongens en drie meisjes. Op 1 maart 1949 onderscheidde hij zich tijdens de tweede Nederlandse politiële actie tegen de republiek door een stoutmoedige aanval van ‘guerrillero's’ op het door ons bezet gehouden Djokjakarta te leiden.
Ná de soevereiniteitsoverdracht vindt men Suharto in 1956 terug als plaatsvervangend commandant van de beroemde Diponegoro-divisie op Midden-Java. Hier verscheen een tweede donkere wolk aan de schijnbaar heldere hemel. Zijn naam werd in verband gebracht met bepaalde vanuit Semarang gepleegde corruptiezaken. Ook trok het de aandacht dat hij een huis nabij Solo had gekocht. Luitenant-generaal Nasution gelastte een onderzoek. Het werd geleid door de commandant van de militaire politie op Midden-Java, luitenant-kolonel Sunarjo (die thans dan ook gevangen zit!) De onregelmatigheden rond Suharto werden voldoende bewezen geacht, om hem van zijn post te ontheffen en terug naar de militaire academie te zenden.
Suharto werd bij de Diponegoro-divisie opgevolgd door luitenant-kolonel Pranoto Reksosamudro. Men lette op deze naam, omdat bij de fatale staatsgreep van 1965 president Sukarno bij een keuze tussen Suharto en Pranoto juist aan deze laatste officier de voorkeur gaf - wat hem noodlottig zou worden.
Bij diens kruistocht tegen corruptie in legerkringen diende generaal Nasution in 1959 een lijst met namen in bij president Sukarno. Ook Suharto werd genoemd. Men kan zich voorstellen dat om meer dan éen reden de verhouding Suharto-Nasution tot op vandaag moeilijk en koel is gebleven.
In 1960 gaf president Sukarno de in vergetelheid rakende officier een