Odae; Epistolae (lib. II); Funera; Silvae; Itineraria; en verder nog enkele fragmenten en brieven. In zijn Itineraria, gevonden onder de papieren van Bonaventura Vulcanius en voor het eerst uitgegeven door Daniël Heinsius in 1618, beschrijft hij zijn reis van Mechelen naar Bourges, zijn terugkeer uit Frankrijk en zijn tocht naar Almoigna in Spanje. Het meest bekend is hij door zijn Basia, die in verschillende talen werden overgezet en nagevolgd. Wie de spaansche courtisane was, die onder den naam Neaera in de Basia bezongen wordt, is onbekend. Evenmin weten wij, wie de Julia was, wier naam het geheele eerste boek der Elegiae draagt. De behoefte aan romantiek van latere eeuwen heeft een poëtisch waas over haar leven gespreid, doch uit een brief van Janus' broeder Nicolaus Grudius blijkt onomstootelijk, dat zij een meisje van losse zeden, hoogstwaarschijnlijk een gewone publieke vrouw was. (Zie: P.C. Molhuysen, Julia in Handelingen en meded. v.d. Mij der Ned. Lett. (1911), 107-109). Dit doet echter niets af aan de meesleepende schoonheid van Secundus' liefdeslyriek. De gloeiende hartstocht zijner gedichten heeft door de eeuwen heen ook de allergrootsten, zooals bijv. Goethe, geboeid.
Oudere en nieuwere commentatoren hebben ijverig materiaal verzameld, waarmede aangetoond kon worden, dat Secundus vele klassieke voorbeelden geïmiteerd heeft (de grieksche Anthologie, Catullus, Tibullus, Propertius, Ovidius); uit het werk van verschillende renaissance-dichters, voorloopers en tijdgenooten van Secundus, heeft men voorbeelden kunnen aanhalen, waarin ongeveer gelijke thema's op ongeveer gelijke wijze behandeld werden; - met dit alles kan men niets anders bewijzen, dan dat Secundus vormen heeft gebezigd, die litteraire cliché's waren, zijn behandeling is echter steeds persoonlijk en de inhoud van zijn werk is door en door echt en direct menschelijk gevoeld. Hierin schuilt het geheim van zijn onvergankelijke bekoring, hierdoor steekt hij zoo verre uit boven het grootste gedeelte der neolatijnsche dichters, wier poëzie meestal niet meer dan sierlijk maakwerk is, dat naar de studeerkamer riekt. Secundus was een man van gezonde, natuurlijke zinnelijkheid. Dit blijkt uit zijn gedichten, uit zijn korte reisverhalen en uit zijn gevoeligheid voor de plastische kunsten. Hij was zeer bevriend met den schilder Jan van Scorel, die zijn portret maakte, en beoefende zelf ook de kunst van stempelsnijden, waarin hij het tot een zeker meesterschap bracht. Schroeter heeft er bovendien op gewezen, dat de woorden forma en formosus een uiterst belangrijke rol spelen in zijn geheele litteraire werk.
De 1e druk der Basia verscheen in 1539, de 1e druk der Opera in 1541. (Zie verder de bibliografie door K. Jacoby in Philobiblon VIII (1935), 7-14.) De standaard-uitgave is nog steeds die van Petrus Burmannus Secundus en Petrus Bosscha: Opera omnia (L.B., 1821. 2 vol., met inleiding en zeer uitvoerigen commentaar). Van de latere edities der Basia zijn de belangrijkste die van G. Ellinger, 1899; J.H. Scheltema, 1902; F.A. Wright, 1930 (hierin ook andere Love Poems opgenomen). N.J. Beversen bezorgde in 1928 een klein uitgaafje, waarvoor hij een ex. uit 1561 gebruikte, dat oudtijds in bezit was geweest van Janus Dousa (thans in de U.B. Leiden), ‘qui in margine multa correxit adhibito Secundi autographo’.
Geschilderde portretten: door een onbekende in de universiteit te Amsterdam, door onbekende in het bezit van Jacob Spex (overl. 1775, vroeger
Auteursrecht onbekend