Willem III graaf geworden was, in plaats van den 12 Sept. 1304 overleden Jan II van Avesnes. De brabantsche gilden waren echter weinig gesticht over het feit, dat hun hertog de zaak der vlaamsche democratie, die ook de hunne was, zoo verraderlijk in den steek had gelaten en zij luchtten hun verontwaardiging in opstanden, die een groot deel van de jaren 1305 en 06 in beslag namen. Zeer heftig was de strijd in Brussel, waar Jan II de zijde der patriciërs gekozen had. 1 Juni 1306 overvielen de gewapende gilden zelfs den hertog te Vilvoorde, en zij werden niet zonder moeite verslagen. Het paard van Jan II werd onder hem gedood. De wevers en volders werden voor de nachten uit de muren van Brussel verdreven, velen hunner werden òf levend verbrand òf, op zijn minst, ontwapend en de stad moest een zware geldboete opbrengen. Het patricisch bewind werd overal in Brabant hersteld.
In 1307 trachtte Thibaud de Bar, de bisschop van Luik, zijn invloed in Mechelen te herkrijgen door een verbond met de burgers dier stad. Jan II nam daarover wraak door handelspolitieke represailles. Hij liet den visch-, zout- en graanstapel van Mechelen naar Antwerpen verleggen door den Roomsch-koning, onder het motief, dat deze destijds ten onrechte van Antwerpen naar Mechelen verplaatst was.
2 Apr. 1307 verbond hij zich opnieuw met den nieuwen vlaamschen graaf, Robert van Béthune, met Willem III van Holland-Henegouwen, met diens broer Jan van Henegouwen, heer van Beaumont, en met hun oom, Gui van Avesnes, den bisschop van Utrecht. Zijn zoon Jan (III, die volgt) huwelijkte hij uit aan een kleindochter van Albert van Oostenrijk (25 Juli 1306) en hij sloot bovendien een verbond met den nieuwen aartsbisschop van Keulen (2 Sept. 1306). Zoo aan alle kanten gedekt, kon hij 11 Mei 1308 te Nivelles weer eens een poging wagen de eindelooze twisten met den bisschop van Luik te beëindigen. Hij sloot een coalitie tegen Luik met den nieuwen Roomsch-koning, met Henegouwen, Namen, Looz en Gulik. Zeer van pas kwam hem kort daarop de benoeming van Hendrik (VII) van Luxemburg tot Roomsch-koning (27 Nov. 1308); 1e was daardoor de voor Brabant gevaarlijke candidatuur van Karel van Valois, den broeder van Philips IV van Frankrijk, van de baan, en 2e was de gekozene, die 6 Jan. 1309 te Aken gekroond werd, zijn zwager. Aanleiding tot Jan's bemoeiing met de luiksche aangelegenheden werd de klacht van Philippine, de weduwe van Jan van Avesnes en een tante van den nieuwen koning, over Thibaud de Bar, den luikschen bisschop, die, naar haar zeggen ten onrechte, het kasteel Mirwart in de Ardennen bezet hield. Willem III van Holland nam het voor zijn moeder op en veroverde het kasteel. Bij het scheidsgericht over deze zaak wees Jan II het kasteel inderdaad aan Willem III toe, zij het op voorwaarde, dat deze het zou doen herbouwen en er leenhulde voor zou doen aan den luikschen bisschop.
In een overzicht van het leven van Jan II mag een korte beschouwing over zijn houding in het toen voor Brabant acute Jodenvraagstuk niet ontbreken. Aan het begin van zijn regeering heeft hij hun het verblijf in zijn land toegestaan en hij heeft hen naar krachten beschermd, omdat hij hen als geldschieters niet ontberen wilde. Toen in 1309 overal in zijn land heftige Jodenvervolgingen losbraken, die vooral in Tirlemont woedden, waar zij in een oude hertogelijke bezitting huisden, het z.g. Jodenkasteel, en zij daaruit verdreven waren, heeft hij hun een nieuwe wijkplaats binnen het kasteel van Genappe verschaft en toen zij ook daar be-