Commelin (Amsteld. 1687, ex. in Univ.bibl. te Amsterdam); Catalogus plantarum Horti Medici Amstelodamensis, pars prior (Amstelodami 1689, nieuwe uitg. 1702), waarvan een tweede deel nimmer verscheen. Na zijn dood bezorgde zijn neef Casparus Commelin (2), die voorgaat, de uitgaaf van het werk Horti medici Amstelodamensis rariorum tam Orientalis, quam Occidentalis Indiae, aliarumque perigrinarum plantarum.... descriptio.... opus posthumum, latinitate donatum notisque et observationibus ill. a Fred. Ruyschio et Franç. Kiggelario (Amstelodami 1697), waarop genoemde Casparus later een vervolg gaf.
In 1678 werd een begin gemaakt met de uitgave van den Hortus Indicus Malabaricus van Hen drik van Rheede van Draakensteyn, het vroegste standaardwerk over indische planten; Arn. van Syen, hoogleeraar in de kruidkunde te Leiden, zou bij de platen aanteekeningen maken. Deze overleed echter voor het 1e dl. in druk verschenen was, waarop Commelin de taak van van Syen overnam en het werk van het 2e dl. af annoteerde. Tijdens de bewerking van het 12e dl. stierf hij, vandaar dat in dit dl. over de platen van de hoofdstukken 15-79 zijn aanteekeningen ontbreken (Hortus Indicus Malabaricus, adornatus per Henr. van Rheede tot Draakensteyn, Joh. Casearium, Joh. Munnicks et Theod. Janss. ab Amsteloveen; cum notis adauxit et commentariis ill. Arn. Syen et Joann. Commelinus (Amstelodami 1678-93, 12 vol.).
Ten slotte is hier te vermelden, dat Commelin in 1687 in samenwerking met zijn mede-commissaris Joan Huydecoper van Maarseveen begonnen is een verzameling plantenafbeeldingen te laten vervaardigen van allerlei vreemde gewassen, die in den Hortus aanwezig waren: Afteekeningen van verscheyden, vreemde gewassen, in de Medicijn-Hoff der Stadt' Amsteldam. Door ordre van de Heeren J. Huydekoper en J. Commelin als commissarissen van den voorn. Hoff. Opvolgende commissarissen zijn met dit afteekenen later doorgegaan, waardoor een collectie van 425 teekeningen, meest aquarellen, is ontstaan (1687-1749), thans in 9 fraaie dln. opgesteld in de hal van den Hortus, als bruikleen van de Universiteitsbibliotheek te Amsterdam. De teekeningen zijn veelal van de hand van Joh. Monincks (vandaar dat de verzameling gewoonlijk de atlas-Monincks wordt genoemd), verder van Maria Monincks, Alida Withoos, Johanna Helena Herolt-Merian, Dorothea Storme en J.M. Cock; zij moesten dienen voor een later uit te geven prachtwerk over den Hortus. Inderdaad komen dan ook platen naar deze afbeeldingen voor in Commelins posthuum werk over den Hortus.
Uit het huwelijk van Commelin werden tien kinderen geboren, waarvan bij zijn overlijden echter nog slechts twee in leven waren, nl. Johannes, geb. omstr. 1655, en Cornelia, geb. omstr. 1660, overl. ald. 1708, huwde eerst (1683) met Lucas Hondius (overl. 1704), daarna (1705) met Jan Daems, weduwnaar van Maria Vincent.
Er bestaan drie portretten van Commelin: door een onbekende, thans behoorend aan de stad Amsterdam en zich bevindend in het huis Tesselschadestraat 9 aldaar (hypothese van Hunger, die het reproduceert), door K. du Jardin op een regentenstuk van het Spinhuis (1669), thans in het Rijksmuseum te Amsterdam (vermoedelijk is Commelin de eenige staande regent), door Henriëtte de Vries (1889) naar Jan de Baen (1680), thans in de