Bij een gevecht met zekere eilandbewoners zocht hij onder een bank van de sloep een schuilplaats. Op de hoogte van N. Guinea wilde de leider, J. le Maire, den ontdekkingstocht voortzetten, maar S. verzette zich daartegen en wist, door de ontevredenen aan boord gesteund, te kwader ure zijn wil door te drijven om naar Ternate te stevenen. Later in Jacatra beland, onderging hij met al zijn tochtgenooten, voor zoover ze niet in dienst der compagnie waren overgegaan, hetzelfde lot: opzending naar het vaderland, waar hij in Juli 1617 behouden aangekomen is.
Op deze reis waren in Jacatra de scheepspapieren en le Maire's scheepsjournaal in handen gevallen van het toenmalig bewind aldaar. Dit zond ze naar het opperbestuur in Holland, waar er schandelijk onbescheiden mee omgesprongen is. Men gaf het dagboek een drukker in handen, die het publiceerde, maar dermate gewijzigd, dat overal le Maire op den achtergrond geschoven werd. Het aldus vervalschte werk voerde als titel: Journal ofte beschrijving van de wonderlicke reyse, ghedaen door Willem Cornelisz. Schouten van Hoorn, in de jaren 1615, 1616 en 1617. Hoe hij bezuyden de Strate van Magellanes een nieuwe Passage tot in de groote Zuydzee ontdekt, en voort den gheheelen Aardkloot omgheseylt heeft. Wat eylanden, vreemde volcken en wonderlicke avontuere hem ontmoet sijn. 't Amsterdam bij Willem Jansz. op 't Water in de Sonnewijser 1618. Het titelblad vertoont de portretten van O.v. Noort, Schouten en Spilbergen, naast die van Magalhaes, Drake en Cavendish. Men leest er o.a. in dat S. de man zou geweest zijn met wien J. le Maire de zaak op touw gezet had. De straat le Maire had de Willem Schoutenstraat moeten heeten, want aan zijn kloek beleid had men de ontdekking te danken. Echter van het van hem uitgegaan verzet, dat tot muiterij aan boord aanleiding gegeven heeft, van zijn lafhartig optreden bij de ontmoeting met de inboorlingen op de n. guineesche kust wordt met geen woord gerept. Ter eere zijner tijdgenooten dient gezegd, dat het niet aan protesten tegen die vervalschingen ontbroken heeft. Joris van Spilbergen, die van het geschrift van S. een herdruk bezorgde, heeft dadelijk diens naam door dien van J. le M. doen vervangen en de publieke opinie is sterk genoeg gebleken om S. tot de bekentenis te nopen dat het geschrift niet van hemzelf was uitgegaan. Niettemin heeft zulks niet belet dat men sedert verkeerdelijk is blijven spreken van ‘den tocht van Schouten en le Maire’.
Later voer S. weer op Indië en aanvaardde hij als schipper op een der schepen van de retourvloot onder bevel van den bekenden Bontekoe (II, 208) in 1624 de reis naar het vaderland, dat hij echter niet meer zou terugzien. Zijn overlijden wordt vermeld aan het eind van het Journaal ofte gedenkwaardige beschrijvinghe van de O.I. Reyse van W. IJz. Bontekoe. Hij stierf in de baai van Antongil, toentertijd een veel bezochte ververschingsplaats onzer koopvaardijvloten aan de N.O. kust van Madagascar op omstr. 16o Z.B.
Zijn portret is gegraveerd door een onbekend kunstenaar.
Zie: Bakhuizen v.d. Brink, Isaac le Maire in Gids IV, 1865; de Boer, Van oude Voyagiën. De Wereld om II (Amsterd. 1913).
Bartelds