door de Staten-Generaal en het was de vraag, of dit lichaam dan wel het bestuur van Drente het recht van benoeming had. 5 Dec. 1643 hadden de staten van Drente, in weerwil van een uitdrukkelijke aanschrijving van de Staten-Generaal om zich van dergelijke handelwijze te onthouden, Willem Hendrik van Welvelde ter Clencke tot drost aangesteld, zij zagen zich echter genoodzaakt 19 Jan. 1644 onder protest de benoeming van van den Boetzelaer te aanvaarden. Van Welvelde werd tevreden gesteld met de schriftelijke belofte, dat hij de waarschijnlijke opvolger van van den Boetzelaer zou worden. 4 April 1644 wordt de drost Rutger van den Boetzelaer, heer tot Toutenburg, Batinge en Entinge, heer van Windischen Eschbach genoemd. Het huis Entinge was door hem gekocht van de voogden van de erfgenamen van Berend van Hackfort.
Van den Boetzelaer was ook in militairen dienst. 19 Sept. 1645 beloofden de staten van Drente hem, dat hij bij de eerstvolgende vacature aan het hoofd van een compagnie zou worden geplaatst. 3 Maart 1659 stonden zij hem de survivance van zijn compagnie toe voor zijn neef Rutger van Loen, vaandrig bij die compagnie, terwijl zij hem 12 Febr. 1661 verlof gaven bij zijn leven deze compagnie aan zijn neef af te staan. Door de bezitting Batinge stonden de van den Boetzelaer's in nauwe betrekking tot het dorp Dwingelo. Zoo vinden wij 10 Febr. 1633 vermeld, dat het legaat van Henderika van Ripperda aan de armen te Dwingelo door Rutger van den Boetzelaer belangrijk werd vergroot. Tot aan de fransche revolutie bewaarde de kerk vele herinneringen aan den drost. Boven een van de deuren stond in een zerk zijn naam met de betiteling erfcollator en fundator van de kerk gebeiteld, ook op den preekstoel las men hetzelfde opschrift. Het is echter meer waarschijnlijk, dat men hem als begunstiger dan als stichter der kerk moet beschouwen. Het vroegere orgel, waarop portretten van van den Boetzelaer en zijn vrouw Balina van Loen waren aangebracht en dat den datum 14 Mei 1665 droeg, was evenals de avondmaalsbeker, een geschenk van den drost en zijn vrouw. Hij bezocht de vergaderingen van de broederschap van den Heiligen Anthonius, van welke vereeniging hij misschien beschermheer is geweest. Bij kwesties, die in latere tijden herhaaldelijk over het collatierecht ontstonden, beriep men zich meermalen op het door van den Boetzelaer uitgeoefende recht. Toen er in 1638 voor het landschap Drente een nieuwe kerkorde werd vastgesteld, behoorde van den Boetzelaer als vertegenwoordiger van den Stadhouder tot de gecomitteerden, die het stuk moesten teekenen.
Van den Boetzelaer was driemaal gehuwd. Blijkens een koopacte van 6 Dec. 1613 was hij toen gehuwd met Henderika Ripperda, waarschijnlijk een dochter van Maurits Ripperda, heer van Vorden enz. te Doornum en Maria van Wijlich, weduwe van Geert van den Clooster. 10 Mei 1630 werden huwelijksvoorwaarden gemaakt tusschen Rutger van den Boetzelaer en Anna van Echten, dochter van Reinold van Echten en Anna van Welvelde, over welke voorwaarden na den dood van Anna van Echten geschil ontstond, zooals blijkt uit het protocol van de lotting van 8 Dec. 1640. Ook werd de geldigheid van het testament, door van den Boetzelaer en zijn echtgenoote 30 Juni 1638 gemaakt, betwist. De derde vrouw van van den Boetzelaer was Batina van Loen, die in de huwelijksvoorwaarden van 7 Dec. 1639 een dochter genoemd wordt van