Juli 1674 benoemden de leidsche curatoren hem tot subregent van het Statencollege op ƒ 600 en de emolumenten, doch besluiten eerst nog naar zijne bekwaamheden inlichtingen in te winnen. Die luidden bevredigend, want 13 Aug. werd hij definitief benoemd. Bovendien kreeg hij vergunning om publice in de academie in philosophia te redetwisten. In het volgend jaar reeds leverde hij een klacht in bij curatoren over de stads importmeesters, die hem zijne vrijheid van accijns weigerden, voorgevende, dat de bij hem inwonende studenten daarvan ook genoten, wat niet mocht, daar zij niet tot zijne familie behoorden. Curatoren konden niets anders doen dan onderzoeken, of ook vorige subregenten met hunne commensalen die vrijstelling genoten hadden, en beloven dat, zoo bleek van ja, ook Wilhelmius dit voorrecht hebben zou. Weder een jaar later benoemde men hem na opzettelijke goedkeuring door Willem III tot ordinarius in de wijsbegeerte. Hij stond bekend als anticartesiaansch en paste derhalve in den nieuwen rechtzinnigen koers, die na den dood van Johan de Witt was ingetreden. 6 Febr. 1676 moest de senaat, daartoe bepaaldelijk saam geroepen, als zijn gevoelen te kennen geven (tegen dat van den curator van Dorp van Maasdam) dat Wilhelmius en Hulsius niet zonder inaugureele oratie hun ambt mochten aanvaarden. Zijne jaarwedde verhoogden curatoren met ƒ 200. Intusschen viel zijne oude, peripathetische wijsbegeerte geenszins in goede aarde bij de studenten, die den smaak der cartesiaansche beet hadden. Zij maakten hem door ‘alderhande soorten van injuriën, versmaetheden ende contumeliën van (zijne) functie ende professie affkeerigh’ en bejegenden hem ‘in (zijne) publijcque disputatiën met soo veel irreverentie, smaetheyt
ende kleynaghtinge, dat (hij) onmogelijk nae de intentie van de H.C. ende B. in (zijne) institutiën (zou) konnen continueren’. Dus bevalen Cur., dat men met alle macht tegen deze ‘explosiën’ zou optreden. Over de toenmalige uitingen van dusdanig studentenverzet moet men niet gering oordeelen: heeft het verdriet daarover 's mans dood verhaast? 13 Nov. 1677 ten 3 ure riep de rector le Moine den senaat bijeen om hem den dood van Wilhelmius mede te deelen. Wolfgang Senguerd hield 6 Dec. de lijkrede. De weduwe, toen reeds ziek, overleed 15 Jan. 1681 en werd op universiteitskosten ‘et honorifice et minimo cum sumptu’ begraven, 18 Jan. De weezen bleven onverzorgd achter en den hoogleeraren Voet en Senguerd droeg men op om, als de nood dat eischte, te hunnen behoeve eenigen steun aan te vragen.
Behalve de genoemde redevoering is er van Wilhelmius nog eene Dissertatio historico-theologica de decem tribubus israëliticis ab Assyriis in exilium abductis, Harderw. 1671
Zie: Bouman, Geld. Hoog. I 215-220; II 653 vlg.; Molhuysen, Bronnen III, 294, 298, 304, 306 vlg., 312, 314 vlg., 319, 321, 331 vlg. 352 vlg. 259*; Siegenbeek, L. Hoog. reg.
L. Knappert