genoemd college; tevens was hij sinds 1811 provisor van het Hollandsch college Pulcheria te Leuven.
Bij de geestelijkheid van die dagen stond Lexius om zijne philosophische en theologische kennis, om zijn mild en meegaand karakter hoog aangeschreven, en heeft op de kerkelijke en staatkundige gebeurtenissen van het einde der 18e en in het begin der 19e eeuw een aanmerkelijken invloed geoefend.
Bij de stichting van het Seminarie Warmond werd aan Lexius door den aartspriester ten Hulscher opgedragen een studieplan te ontwerpen en een reglement van orde en tucht, en het tevens als eerste hoogleeraar ten uitvoer te leggen. Tegen het afleggen van den eed, die den 9en Maart 1795 door de provisioneele representanten des volks van de priesters gevorderd werd op de 19 artikelen, waarin de rechten omschreven waren van den burger en van den mensch, had een groot gedeelte der geestelijkheid bezwaar. En namens hen werd aan deze stemming uiting gegeven door den deken van het z.g. oud-kapittel, Stafford, in een bezwaarschrift, den representanten des volks in Juli 1795 toegezonden. Maar Lexius was van meening, dat, bij het beoordeelen der 19 artikelen, alleen op de zaak moest gelet worden, en de woorden dienden begrepen te worden, zooals de Volksrepresentanten die verstonden, en niet, zooals die verstaan konden worden. /Daartoe verscheen van zijne hand: Eenvoudige gedachten over de door de provisioneele representanten van het volk van Holland den 31en January 1795 verklaarde rechten van den mensch en van den burger en over den eed op die rechten bij hun decreet den 9en Maart 1795 gevorderd door J.H. Lexius, Roomsch Pastoor aan het Kalf, te Amsterdam bij Theodorus Crajenschot op den hoek van de Heerengragt en Heisteeg in den Berg Sinai, 1795. Waartegen Stafford een verweerschrift opstelde, waarop Lexius wederom antwoordde in: Verantwoording aan den pastoor J. Stafford over den blaam, dien hij in een verweerschrift tegen J.H. Lexius voorgeeft hem door denzelve aangevreven te zijn door J.H. Lexius, Roomsch-Pastoor aan 't Kalf, te Amsterdam bij T. Crajenschot, 1796.
Lexius behoorde tot de oprichters van het eerste door de katholieken gestichte tijdschrift: Mengelingen voor R. Catholyken, te Amsterdam bij B.J. Crajenschot, boekverkooper in de Kalverstraat, waarin, behalve Lexius zelf, vooral zijne begaafde leerlingen, en onder dezen in het bijzonder Schrant, aan het woord kwamen.
Den 2en Aug. 1808 werd Lexius door koning Lodewijk in de commissie benoemd, aan welke de organisatie van den R.C. godsdienst hier te lande was opgedragen. Met Cramer en Stafford stelde hij het schrijven op, waarin van het bestaan der commissie aan den H. Vader werd kennis gegeven; met Hoogaerts en Muller bracht hij rapport uit ‘over de beste inrigting en bestuur van het R.C. kerkgenootschap binnen het koningrijk Holland’, en ‘over de wijze, waarop zal moeten worden gehandeld ten aanzien van de geordende geestelijken, welke hier en daar nog pastorijen hebben, en hoe in de vervulling dier standplaatsen door andere geestelijken bij vacaturen zal kunnen worde voorzien’, en met Cramer wijdde hij zijne aandacht aan ‘een reglement op het bestuur der kerken, goederen en fondsen’.
Op het Seminarie te Warmond hangt van Lexius een portret, kniestuk, vervaardigd door de Lelie in 1788; in de pastorie de Posthoorn te Amsterdam bestaat van hem een staalgravure, en in het bissch. museum te Haar-