tige mannen aan naar Indië te gaan om hunne krachten aan dezen arbeid te geven.
Den 22en April 1620 aanvaardt hij de predikantsbediening te Kalslagen. 13 November 1623 wordt hij door de Classis van Amsterdam naar Oost-Indië beroepen. Den 17en Juli 1624 zette hij te Batavia voet aan wal.
Na te hebben deelgenomen aan een vergadering, die een kerkorde voor Indië voorloopig vaststelde, werd Heurnius aangewezen om als predikant te Batavia te blijven. Hij arbeidde, behalve onder de Europeanen en de lijfeigenen der Compagnie, ook onder de Malabaren en Chineezen. Ten behoeve van den laatsten arbeid had hij een Hollandsch-Latijnsch-Chineesch woordenboek samengesteld, ook vertaalde hij de Geloofsbelijdenis, de 10 geboden en het gebed des Heeren in 't Chineesch. Bewindhebbers stelden dezen arbeid op prijs en vereerden hem eene aangename ‘schenckagie’.
Tijdens dit verblijf in Batavia werd de stad tweemalen belegerd door den Soesoehoenan van Mataram; tijdens het tweede beleg werd door gouverneur-generaal Coen een uiterst streng vonnis geveld over een jongen vaandrig en Sara Specx, dochter van een der Raden van Indië, die zich aan onzedelijkheid hadden schuldig gemaakt. Heurnius trachtte den vertoornden Coen tot genade te bewegen, vergeefs. Cortenhoeven werd onthoofd, Sara Specx bij open deuren gegeeseld.
Kort daarna werd Heurnius geroepen bij den stervenden gouverneur-generaal, die hem opdroeg zijn wensch omtrent zijn opvolger op schrift te brengen in behoorlijken vorm. Hoewel aan Coen het recht was toegekend zijn opvolger aan te wijzen, werd besloten aan Coen's missive slechts de waarde van één stem toe te kennen. Zoo werd niet de door hem aangewezen Pieter Vlack, maar Jacques Specx tot gouverneur-generaal gekozen. Het opperbestuur in Nederland heeft deze verkiezing niet gesanctionneerd.
Met den heerschzuchtigen Specx kwam Heurnius in botsing, wegens diens ingrijpen in de kerkelijke tucht, daar hij een predikant wilde bestraffen, die door Kerkeraad en Raad van Justitie onschuldig was bevonden. Een tweede botsing volgde wegens Specx' eisch om, in strijd met de Kerkorde van 1624, politieke commissarissen aan elke kerkeraadsvergadering te laten deelnemen. Een derde strijd ontstond toen Specx ingreep in een zaak van kerkelijke tucht. Specx gelastte Heurnius voor twee jaren te gaan naar de kust van Goromandel en daarna te vertrekken naar het vaderland.
Het bevel van Specx werd slechts ten deele uitgevoerd. In Mei vertrok Heurnius naar Coromandel, doch keerde reeds in September met het eerstvolgende schip naar Batavia terug. Als intusschen G.G. Brouwer Specx vervangen heeft, wordt Heurnius, 18 October 1632, weer in zijn ambt hersteld. Brouwer keurt ook uitdrukkelijk het optreden van Specx in kerkelijke zaken af. Met blijdschap greep Heurnius echter de gelegenheid aan, die hem geboden werd om Batavia te verlaten, toen de vraag tot hem kwam op Ceram te gaan arbeiden, vooral wijl hij daar nagenoeg enkel zendingswerk zou hebben te verrichten.
Den 1en Maart voer Heurnius, over wien G.G. Brouwer een zeer loffelijk getuigenis naar het vaderland zond, uit naar Ceram. Op Amboyna gekomen, deed hij daar tijdelijk dienst en werd den 6en Juni niet naar Ceram, doch naar de Oeliassers gezonden. Op deze eilanden vond hij enkele inlandsche Christenen, wier Christendom hierin bestond, dat zij des Zondags samenkwamen om te luisteren naar het ‘onbequaemelyck’