Nergens, zoo verklaarde Petrus Canisius, worden de jonge leden der orde degelijker gevormd dan te Munchen onder Dirk's leiding.
In 1561 benoemd tot rector van het in 1559 geopende college te Munchen, vond hij nog ongeveer alles te doen. Gesteund door de gunst van hertog Albert, bij wien hij in hoog aanzien stond, richtte hij het nieuwe college-gebouw op, zorgde voor een goed voorziene bibliotheek en legde de grondslagen van een conviet voor arme studenten. De pest dwong hem in 1562 met een deel der bewoners naar het klooster Biburg te vluchten. Van 1564 tot 1565 stond hij aan het hoofd van het college te Ingolstadt, waar hij allerlei moeilijkheden met de universiteits-professoren uit den weg had te ruimen. De vruchtbaarste tijd van zijn leven lag te Dillingen. Kardinaal Otto Truchsess von Waldburg had 17 Aug. 1564 de universiteit aldaar plechtig aan de Societeit van Jezus overgedragen. De eerste rector, de bovengenoemde Hendrik Denijs, moest reeds na acht maanden zijn ambt neerleggen. Dirk Canisius volgde hem op en bleef van 28 Mart. 1565 tot 1585 als rector het college besturen. Van 1565 tot 1582 was hij bovendien kanselier der universiteit. Onder zijn bestuur steeg het aantal studenten van 300 tot 600.
Van 18 Sept. 1565 tot 15 Nov. 1567, in den tijd, dat Petrus Canisius, op last van Pius IV de duitsche vorsten en bisschoppen bezocht, om de afkondiging der decreten van het Trentsche concilie te bevorderen, nam Dirk diens ambt van provinciaal waar. In de strijdvraag, die in het bisdom Augsburg en elders vele gemoederen in gisting bracht, of nl. het uitleenen van geld tegen 5% als ongeoorloofde woeker moest worden beschouwd, hield hij en verschillende zijner ordebroeders vast aan de strengere opvatting.
In 1585 keerde hij als rector naar Ingolstadt terug; hij bouwde er de nieuwe kerk, had de voldoening op een zelfden tijd drie beiersche prinsen en drie badensche markgraven onder de leerlingen te tellen en zag de geheele literarische facutteit aan de Jezuïeten toegewezen, waardoor aan een langen strijd althans voorloopig een einde kwam.
In 1586 naakte hij deel uit van de commissie der Opperduitsche provincie, te Dillingen saamgeroepen om een nieuwe regeling der studiën te bespreken, ter voorbereiding van een algemeene Ratio studiorum, die in 1591 door den generaal Aquaviva voor de geheele orde verplicht werd gesteld.
Van het bestuur ontheven in 1589 werd hij naar Lucern gezonden om er een welverdiende rust te genieten. Nog eens, in 1595, nam hij het bestuur van het college te Ingolstadt op zich, maar die last bleek spoedig te zwaar voor zijn schouders. In 1597 werd hij, terwijl hij het doodsbericht van zijn broeder Petrus boorde voorlezen, door een beroerte getroffen, die hem spraak en geheugen bijna geheel benam; Petrus had hem dit voorspeld. Een overbrenging naar Augsburg, daarna naar Ingolstadt bracht geen verbetering. Na een lijden van zeven jaar overleed hij en werd in de kerk van het H. Kruis begraven.
Zijn door Joh. Sadeler gegraveerd portret is gereproduceerd bij Hamy, Galerie illustrée d.l. Comp. de Jésus (Paris 1893), en bij Duhr (zie beneden) 1, 733.
Zie: Raderus, De vita Petri Canisii (Monachii 1614) 283; Mederer, Annales Ingolstadienses I; Specht, Geschichte der ehemal. Universität Dillingen (Freiburg i.B. 1902), 265; Pachtler, Monumenta Germaniae paedagogica (Berolini 1887) 1, 357; II 5, 482; Imago