ten slotte aan het einde van zijn loopbaan als pensionaris nog een bewijs van zijn gematigdheid door in September 1787 zich te verzetten tegen het voorstel om de vergadering der Staten naar Amsterdam te verplaatsen, zoodat het werd verworpen. Toch kostte zijn werkzaamheid als pensionaris van een patriotsche stad hem na de restauratie van 1787 zijn ambt: 4 Maart 1788 legde hij op een wenk van hoogerhand zijn pensionarisschap neer; als bewijs van waardeering legde de vroedschap hem een pensioen toe, dat hij tot de omwenteling van 1795 heeft genoten.
Vele jaren is van Wijn ambteloos gebleven. Wel werd hij 20 April 1796 door het district der zeegaten (den Briel) gekozen tot lid der Nationale Vergadering, maar 19 Mei weigerde hij den daartoe gevorderden eed af te leggen en nam dus geen zitting. Hij bleef te Gouda wonen en wijdde zich aan uitgebreide historische onderzoekingen, waarvan de resultaten voor het grootste gedeelte zijn opgenomen in de Bijvoegsels en aanmerkingen op de Vaderlandsche Historie van J. Wagenaar (Amst. 1790-96, 20 dln.) en de Bijvoegsels en aanmerkingen, bestaande in noodige naleezingen voor de Vaderlandsche Historie van J. Wagenaar (Amst. 1797-1801, 2 dln. m. reg.), die voor het grootste deel door van Wijn zijn bewerkt; het geheel is een schatkamer van bijzonderheden over de Nederlandsche geschiedenis in verschillende perioden. In denzelfden tijd begon hij ook zijn verspreide studiën te verzamelen en uit te geven; zoo ontstonden zijn bekende bundels Historische en Letterkundige avondstonden (Amst. 1800, 2 dln. 1 bd.) en Huiszittend leeven (Amst. 1801-12, dl. I, 1-4, II, 1; 3 bdn.). Ook door deze werkzaamheid is de uitgave van Heelu blijven liggen; eerst na zijn dood werden door Jonckbloet en Kroon uitgegeven de Letter- en geschiedkundige aanteekeningen op de Rijmkronijk van Jan van Heelu ('s Grav. 1840).
Van Wijn's ambteloos leven eindigde in 1802. 5 Juli van dat jaar werd hij bij besluit van het Staatsbewind benoemd tot archivarius der Bataafsche Republiek. Reeds 20 Dec. 1800 had van Royen in de Eerste Kamer aangedrongen op vereeniging van alle oude rijksarchieven onder één wetenschappelijk beheer; maar eerst 17 Juni 1802 had het Staatsbewind een besluit in dien geest genomen. De uitvoering daarvan werd opgedragen aan den nieuw benoemden archivarius, die de meeste der groote archiefverzamelingen, die hij nu kreeg te beheeren, van oudsher door veelvuldig gebruik kende. Zijn ambtsduur werd voorloopig bepaald op vijf jaar; maar de Raadpensionaris gaf hem bij Staatsbesluit van 28 Mei 1806 een vaste commissie en hij bleef in functie onder koning Lodewijk en nog na de inlijving. Bij Keizerlijk Besluit van Augustus 1812 werd hij evenwel van zijn ambt ontheven, maar bij besluit van den Souvereinen Vorst van 8 Maart 1814 weer in zijn functie hersteld. In 1807 werd hij onmiddellijk na de oprichting lid van het Koninklijk Instituut, in welks Verhandelingen ook een en ander van zijn hand is te vinden; ook in de Jaarboeken der Wetenschappen en Kunsten in het Koningrijk Holland gaf hij verslagen en beoordeelingen. Nog werd hij bij Souv. Besluit van 8 Juli 1814 benoemd tot honorair lid van den toen ingestelden Hoogen Raad van Adel.
Van Wijn is de schepper van het Algemeen Rijksarchief. Niet alleen bracht hij zooveel mogelijk alle oude archieven van de generaliteit en van Holland vóór 1795 bijeen, maar ook werden deze door hem voorloopig beschreven. Ook uit andere archieven bracht hij vooral charters over naar het