Orde in Italië waar te nemen en spoedig daarop koos de 21ste Algemeene Congregatie hem tot Generaal der Orde op 44-jarigen leeftijd. Hij was de eerste Noordnederlander, met die gewichtige bediening bekleed. Het instituut is aan Roothaan's Generalaat zeer veel verschuldigd. Hij wordt dan ook terecht betiteld als ‘de tweede stichter der Societeit van Jezus over de geheele wereld.’
Roothaan streefde naar de instandhouding en verlevendiging van den inwendigen, waren geest hunner roeping in de leden der Societeit, en verder ijverde hij voor het onderwijs en de missiën. Zijn hartewensch spreekt het luidst uit zijne Brieven en bovenal uit de meesterlijke bewerking, die hij leverde van de Geestelijke Oefeningen van den H. Ignatius en den Inleidingsbrief, dien hij hieraan deed voorafgaan.
Inmiddels voerde hij een uitgebreide correspondentie en steunde hij iederen vreemdeling, elken landgenoot vooral, die hem te Rome kwam bezoeken of zijn dienstvaardigheid inriep. Men leze wat Dr. J.J.F. Wap hierover schrijft in zijn boek Mijne reis naar Rome in het voorjaar van 1837 en A.R. Falck, Nederlandsch gezant in Engeland, aan professor D.J. van Lennep (25 Febr. 1830).
Toen in 1837 te Rome in de hevigste mate de cholera uitbrak, schitterde Roothaan's naastenliefde in vollen glans. Eigenhandig de zieken verplegend, ging de edelmoedige menschenvriend door de hospitalen rond. Toen later een commissie tot stand kwam om voor de weezen der bezwekenen zorg te dragen, werd Roothaan door het Romeinsche volk, dat hem liefhad en vereerde, gedwongen daarin zitting te nemen. Twintig dier arme kleinen deed hij, op zijne kosten, in San Stefano Rotondo verzorgen.
Doch in het revolutiejaar 1848 verliet ook Roothaan de Eeuwige Stad om er eerst in April 1850 terug te keeren. In dien tusschentijd had hij zich metterwoon te Marseille gevestigd, vanwaar hij gemakkelijk met Italië kon in verbinding blijven. In 1849 bracht hij tevens een laatste bezoek aan Nederland. In Januari 1850 verliet de Generaal Frankrijk en begaf zich naar Napels om vanhier, na een kort verblijf op Sicilië, in April te Rome weerom te zijn. Zijn gezondheidstoestand was echter geschokt. Na een pijnlijk maar met een voorbeeldig geduld gedragen lijden overleed hij en werd te Rome begraven in het gedeelte van den grafkelder van den Gesu, dat voor de Generaals der Societeit bestemd is.
Roothaan's leuze was ‘fortiter et suaviter, krachtig en zacht’; geheel zijn bestuur, geheel zijn gedrag was de uitdrukking dier leuze. Het ‘overwin u zelven!’ had hij altijd op de lippen, en die woorden maakten den vasten regel uit van al zijne gedachten, van al zijne daden.
Dr. J.J.F. Wap prees Roothaan als ‘een Nederlander van onbeschrijflijk groote talenten, maar wiens deugd en godsvrucht, wiens vriendelijke geaardheid en minzaam nederige omgang die groote talenten nog verre overtreffen.’
Zie: J. Alberdingk Thijm, S.J., Levensschets van P. Joannes Philippus Roothaan, Generaal der Societeit van Jezus (Amsterdam-Brugge 1885).
Knippenberg