bleef daar tot na de bevrijding van Groningen in 1594, omringd door vrij wat vrienden en als een man van niet geringen invloed.
Na de reductie van Groningen was hij voornemens weer naar zijn vaderstad te gaan. Maar toen het verzoek tot hem kwam zich te willen belasten met de zorg voor kerken en scholen en zeeweringen in de Ommelanden, wijzigde hij dat plan en vestigde zich te Groningen. In dien tijd heeft hij zich voor het kerkelijk leven in die provincie zeer verdienstelijk gemaakt. Als lid der Staten nam hij deel aan bijna alle provinciale synoden. Voorts werkte hij mede aan een kerkorde voor de groningsche kerken, die in 1595 door de Staten werd goedgekeurd, waarna ze in 1596 door de kerken werd aangenomen; en in 1600 aan een armenordening. Terwijl hij ten slotte ook zeer geijverd heeft voor de stoffelijke belangen dier kerken. Sedert Mei 1601 proost van de abdij van Uskwerd geworden, weigerde hij ook maar in eenig opzicht toe te geven aan den wensch der groningsche jonkers, om de baten der geestelijke goederen te doen ten goede komen aan andere belangen dan aan de kerken. Dat hem die eerlijkheid in de bediening van zijn ambt veel verdriet op den hals heeft gehaald, laat zich verstaan. De scheldnamen die hem gegeven werden: Paus Jutte en Bisschop Superintendens leggen daar welsprekend getuigenis van af.
In dogmatisch opzicht was Doede van Amsweer een gematigd man, van ongeveer Zwingliaansche denkbeelden; van de Remonstrantsche en Contraremonstrantsche geschillen had hij een afkeer. Op kerkrechtelijk gebied was hij een beslist voorstander van het patronaatsrecht. Over het algemeen is hij een man geweest, die meerdere bekendheid verdient dan hij geniet.
De talrijke werken, die hij schreef, en die zich alle in de bibliotheek der groningsche universiteit bevinden, zijn: Spieghel der aenvechtingen des Sathans ende ware proeve des gheloofs (Emden 1584); Proeve des gheloovens. Van de ware salichmaeckende Erkentenisse Christi (Emden 1584); Een trouhertige unde droevighe vermaninge ande verstroyde Uutgewekene, unde gemeyne Ingesetene der Vriesche Ommelanden (Emden 1584); Een Christelijcke Tragedia, die Coopman ofte das oordeel geheeten (1592), die eerst in 't latijn geschreven is; Christelijcke ende trouhertige vermaenschriften, handelende van den iure Patronatus unde Reformation der kerken in de Provintie van Groningen (Franeker 1597); Christelijck Bedenckent ende Disposition van goede armen Ordenung (1600); De praeposituris Reformatis (1611), op last der Staten van Groningen later gesupprimeerd; Gedenckweerdighe Acta Memoriae. Defensive ghestelt (Fran. 1612); Corte summaire uytstel van Reeckeninghe, ende contra Reeckeninghe (Fran. 1613); een vertaling van: Exulans justitia divina, inventio Babtistae Ubaldini exulis (1615), waarvan de oorspronkelijke schrijver een, in 1612 bij van Amsweer gekomen italiaansch vluchteling van aanzienlijken huize was; Satellitium oft Memoriael-register van kerckelijke en Politycque geschreven Acten (1616); Satellitium divinum oft Cort memoriael van eenighe godtlijke openbaringhen (1616), (een werkje waarin hij mededeeling en verklaring geeft van eenige openbaringsdroomen, die hij beweerde te hebben gehad, vgl. Groningsche Volksalmanak Jrg. 1907, 209: G.A. Wumkes, Doede van Amsweer als droomer en droomenuitlegger); Later memoriale
Acten (1618); Clagende Request (1618) en Justificatio fidei Christianae, antiquae, Catholicae et orthodoxae, een hernieuwde uitgave van het werk: Antonius Corranus,