opnieuw naar Nederland (1876), met een verlof dat spoedig door een eervol ontslag uit 's lands dienst gevolgd zou worden. Hij vestigde zich aanvankelijk te Deventer, daarna (1879) te Leiden, waar hij gelegenheid vond zijn rijke kennis ten nutte van het algemeen dienstbaar te maken. Steeds meer werden zijn bekwaamheid en verdiensten in het moederland gewaardeerd. Als afgevaardigde van de nederl. regeering woonde hij in 1878 de wereldtentoonstelling te Parijs bij, evenals in 1880 de visscherijtentoonstelling van Berlijn. Als vertegenwoordiger van het Ned. Aardrijksk. Genootsch. en van het Kon. Instituut voor Ind. taal-, land- en volkenkunde vertoefde hij in 1881 op het Geogr. congres te Venetië gehouden. Zeer verdienstelijk maakte hij zich ook voor de Maatschappij van Nijverheid te Haarlem en voor het Koloniaal museum in het Paviljoen aldaar, voor het Ned. Aard. Genootsch. te A'dam en voor het Kon. Instituut voor Ind. taal-, land- en volkenkunde in den Haag. Niet minder was hij werkzaam voor het Zoölogisch genootsch. ‘Natura Artis Magistra’ en voor de Maatsch. tot landaanwinning op de Friesche wadden, te wier bate hij in 1877 en 78 de eil. Ameland en Terschelling bebezocht. Eindelijk deed hij in zijn laatste jaren veel voor de Koloniale tentoonstelling in 1883 te Amsterdam te houden; deze grootsche onderneming inzonderheid had voor een goed deel haar welslagen aan Musschenbroek te danken: ‘hij was haar algemeen erkende vraagbaak en raadgever’. Toen het besluit genomen was om in de hoofdstad des lands een duurzame koloniale Vereeniging te stichten, wenschte men v. Musschenbroek als directeur aan 't hoofd daarvan geplaatst te zien. Doch, helaas, de bekwame en algemeen beminde man overleed nog in het jaar der
tentoonstelling zelve. Eind October 83 werd de man met zijn zoo krachtig gestel door een acute ziekte aangetast, waaraan hij weldra stierf, op den leeftijd van 56 jaren. Hij liet een weduwe met vier zonen na. Zoowel in Indie als in Nederland werd zijn nagedachtenis in hooge eer gehouden; hij stond bekend niet alleen als een koloniale specialiteit van buitengewone werkkracht en bekwaamheid, maar ook als een edel mensch, vol geestdrift voor plichtsbetrachting en voor al wat schoon was en goed.
Van M.'s geschriften noemen wij: Verslag omtrent de Afdeeling Ambarawa, na de aardbevingen op Midden- Java in den nacht van 16 op 17 Juli 1865 en volgende dagen (in Natuurk. Tijdschr. v. Ned. Indië 1867); Iets over de Fauna van Noord-Celebes en zijn naaste omgeving (ibid. 1876); Cachelotvisscherij in den Ned. Ind. Archipel (in Tijdschr. ter bevordering van Nijverheid 1877); Getahpertja van Celebes' Oostkust (ibid.); Een bezoek aan de Friesche wadden (Eigen Haard 1878); Iets over de inlandsche wijze van katoenverwen op Java en over de daarbij gebruikte grondstoffen. Naar Javaansche bronnen bewerkt en met aanteekeningen voorzien (1878); Kaart van de Minahassa. In 4 bl. (1878); Aanteekeningen omtrent de Avifauna van Terschelling (in Tijdschr. Ned. Dierk. vereeniging 1879); Kaart van de bocht van Tomini of Gorontalo en omliggende landen. Met toelichtingen (Tijdschr. Ned. Aardr. gen. 1880); Mededeelingen omtrent grondstoffen in het Oostelijk gedeelte van onzen Ind. Archipel (1880); Het vaarwater van de schipbreukelingen van het stoomschip ‘Kon. der Nederlanden’ en de kansen op hun behoud (1881), en Dagboek van Dr. H.A. Bernstein's laatste reis van Ternate naar Nieuw- Guinea, Salawatti en Batanta, 1864-65. Met aant., bijlagen en eene kaart (opgenomen in Bijdr. v.h. Kon. Instit. voor de taal-, land- en volkenkunde van Ned. Indië, 1883).