Willem vernomen, dat sommige zijner edelen hem wilden dooden en daagde deswegen op 2 Febr. 1414 heer Jan van Egmond voor zich; deze gaf daaraan geen gevolg, de zaak bleef hangende, maar hij schijnt het veiliger gevonden te hebben het land te ruimen en een wijkplaats te zoeken te Luik, van waar hij 15 Maart 1416 aan den graaf een schrijven zond. Zes weken later (op 5 Mei 1416) beval Willem VI de egmondsche goederen in beslag te nemen, hetgeen geschiedde; overal werden nu bewaarders en rentmeesters aangesteld, een krijgstocht tegen IJselstein uitgeschreven, maar kort daarop volgden een verzoening en de dood van Egmond's vijand Willem VI (Mei 1417). Egmond en zijn broeder Willem bezetten daarop het slot te IJselstein weer, maar gaven het bij verdrag aan Jacoba over, die het liet verwoesten. De Egmond's verbonden zich dan met Jacoba's eerzuchtigen oom Jan van Beieren, welke zich reeds van de hulp van Gelre verzekerd had. Egmond maakte zich bij verrassing van het Arkelsche Gorkum meester en verdreef er de hollandsche bezetting uit; Jacoba snelde echter toe en nam de stad na een hardnekkig beleg in; de Egmond's vielen in hare handen, maar schijnen bij de voorloopige verzoening met Jan van Beieren losgelaten te zijn; in de volgende jaren (1419-1420) van verwarring komt Jan met zijn broeder steeds als getrouw helper van Jan van Beieren voor. Intusschen was heer Jan in nieuwe twisten geraakt met het klooster te Egmond en had den abt Gerard van Ockenberg gedwongen (30 Apr. 1419) de wijk te nemen naar Utrecht, terwijl hij Jan van Beieren ertoe bracht bij het pauselijke hof een klacht tegen den abt en de kloosterlingen in te dienen; terwijl dit nog hangende was, overleed abt Gerard (1424) en werd opgevolgd door Willem van Matenesse, die door den heer van Egmond
gevangen werd gezet op het kasteel Rosendaal bij Arnhem en vervangen werd door Gijsbert van Vliet, een der creaturen van heer Jan. Abt Gijsbert moest echter in 1427 het veld ruimen voor Matenesse, die later een compromis met den heer van Egmond zou sluiten. Intusschen was in 1423, na den dood van Reinald IV, de oudste zoon van heer Jan van Egmond, Arnoud (I kol. 174), die toen dertien jaar was, tot opvolger aangewezen en werd heer Jan voogd voor zijn zoon over Gelre en Zutphen, maar slechts voor korte jaren.
In de troebele tijden, waarin Holland in dit tijdperk verkeerde, schijnt heer Jan groote sommen aan de landsheeren te hebben voorgeschoten, zoodat hij het slot en de heerlijkheid Leerdam, benevens Buren in pand kreeg en in 1429 met Philips van Bourgondië een afrekening maakte, waarbij de schuld aan den heer v. Egmond op het aanzienlijke bedrag van 40.000 schilden bepaald werd; ook kreeg hij nog Backum en andere goederen in leen. Na nog allerlei twisten met het klooster werd eindelijk in 1439 tusschen hem en abt Willem van Matenesse een zoen getroffen, onder goedkeuring van paus Eugenius IV, uitgesproken door den hertog van Bourgondië. De heerlijkheid van Egmond werd daardoor geheel van het klooster afgescheiden, onder protest echter van den abt, aangezien de zaak blijkbaar toenmaals allesbehalve regelmatig in haar werk is gegaan, zoodat de twisten, wel verre van beëindigd te zijn, nog jaren lang voortduurden, hetgeen nog verergerd werd door oneenigheden onder de kloosterbroeders.
Heer Jan liet - naar sommigen willen om het aanzien des kloosters te verzwakken - de