in de hoop eenmaal weer naar den Bosch te kunnen terugkeeren en in het bezit te komen zijner goederen. 1581 werd hij aangezocht om te worden ‘ontfangher generaal ende thesorier der oorloghen deser syde der Masen’ en ging hij als ‘tresorier van de Provintien’ wonen te Utrecht. Hier werd hij al spoedig bij bijzondere brieven verklaard voor burger, schoon men anders eerst na tienjarig verblijf het burgerrecht kon verkrijgen. Te Utrecht sloot hij zich bij de streng kerkelijke partij van het consistorie aan en werd hij als calvinistische democraat een man van invloed. In Oct. 1586 werd hij tegen zijn zin benoemd tot tweeden burgemeester van Utrecht, welk ambt hij tot 5 Oct. 1588 (n. stijl) heeft waargenomen, zonder dat hem eenige oneerlijkheid of kwade trouw is kunnen worden ten laste gelegd. Op aandringen van Leicester heeft hij dien post aanvaard. Van dezen ‘Gideon’, van wien de ballingen hoopten, dat hij hen naar hun vaderland zoude terugleiden, was Prouninck een trouw aanhanger en het volle vertrouwen van den graaf viel hem ten deel. Hij mag gerekend worden onder de beste persoonlijkheden der leicestersche factie. Toch heeft Prouninck zich zeer den haat der Hollanders op den hals gehaald, omdat hij behoorde tot de ‘oorblazers’, den ‘achterraad’ van den engelschen graaf, die hebben bewerkt, dat Leicester bij plakkaat van 5 April 1586 den toevoer verbood van allen leeftocht, ammunitie enz. aan den vijand. De schade, daardoor der nering toegebracht, vergaven de Hollanders den graaf en zijnen aanhangers nooit.
In Nov. 1586 verscheen Prouninck in de vergadering der St.-Generaal van wege de provincie Utrecht, doch de toelating werd hem geweigerd, enkel en alleen uit partijschap. Men leze zijn Verantwoordinghe (afgedrukt bij Bor, Nederlandsche Oorloghen, boek XXII, fol. 43 e.v.) d.d. 10 Maart 1587, welke nooit is tegengesproken of weerlegd.
Jhr. Gerard bleef Leicester trouw en speelde in de gansche beweging een belangrijke rol. Hij behoorde tot de democraten en in een brief aan Leicester verklaarde hij, dat de souvereiniteit behoorde aan het volk, dat haar kon opdragen, wien het hem beliefde; een theorie overgenomen door het engelsche lid van den Raad van State Wilkes. Tegenover hen hebben Oldenbarnevelt, Franchois Vranck, pensionaris van Gouda, e.a. de meening gesteld en doorgedreven, dat de souvereiniteit berustte bij de Staten, als vertegenwoordigers der vroedschappen.
Oct. 1587 werd P. als burgemeester herkozen. In Aug. 1588 ijverden nog de burgerhoplieden voor hem, verlangende, dat hij als burgemeester zoude worden gecontinueerd; zoo deden ook Leicester en koningin Elisabeth. Prouninck zelf schreef 19 Sept. den graaf, dat hij in de begeerte der koningin ‘difficulteerde te consenteren’ en hij verlangde, dat Hare Maj. hem geëxcuseerd zoude houden. 5 Oct. 1588 geraakte de burgerij van Utrecht in beroering, een gevecht ontstond, dat eindigde met de nederlaag der democraten. Prouninck, de hoofdschout Trello e.a. werden gevangen genomen en terwijl de anderen spoedig werden vrijgelaten, hield men tot in Juli 1589 jhr. Mr. Gerard gevangen. Een proces werd tegen hem op touw gezet en de hoofdschout van Zuylen van Drakenborch eischte de doodstraf wegens hoogverraad. De beschuldigde verdedigde zich op waardige wijze. Koningin Elisabeth, de engelsche minister Walsingham e.a. schreven te zijnen gunste, zoodat men Prouninck niet ter dood heeft