nog gevallen was, werd hij reeds afgezet, 8 Febr. 1619. Daarna werd hij tot levenslange ballingschap veroordeeld en naar Waalwijk gebracht, waar zijn vrouw met twee kinderen tot hem kwam. Aldaar werd voortgearbeid aan de stichting der remonstrantsche Broederschap, waarvoor te Rotterdam reeds in Maart 1619 de grondslag was gelegd. Niellius presideerde sommige vergaderingen van de 30 ballingen en uitgewekenen, maar de organiseerende kracht was Wtenbogaert. Daarom ging men naar Antwerpen, waar men ook veiliger was dan te Waalwijk. 30 Sept. had te Antwerpen de eerste algemeene vergadering der Broederschap plaats, Wtenbogaert, Episcopius en Grevinchoven werden benoemd tot directeuren, Niellius, Poppius en Corvinus tot hunne helpers. Dezen bleven allen nog voorloopig buitenslands. De overigen waren bereid om, ondanks de plakkaten, terug te keeren en hunne gemeenten te bedienen. Niellius werd ook benoemd in de commissie, die een geloofsbelijdenis op zou stellen, hetgeen noodig was om in Denemarken et Stade vrijheid van godsdienstoefening en onderwijs te bekomen, en nuttig werd geoordeeld tegenover de verdachtmakingen in het vaderland. Ook werd hij benoemd in een commissie om de formulieren van doop en avondmaal te herzien. Na het eindigen van het Bestand in 1621 werden Wtenbogaert, Episcopius en Grevinchoven genoopt naar Frankrijk te gaan. Zij bleven met de buitenlandsche directie belast, Niellius, Poppius, Corvmus, Borrius, Frederici en Sapma werden tot binnen-directeuren benoemd. Niellius en Huttenus zorgden voor het heimelijk drukken van de confessie. In 1621 werd hij met Lomanus afgevaardigd naar de stad door de remonstrantsche uitgewekenen te bouwen: Frederikstad aan den Eider. Zij onderhandelden met Frederik III, den hertog van Sleeswijk-Holstein. Met
Poppius in 1623 naar Haarlem vertrokken om moeielijkheden in de gemeente te regelen, werd Niellius 21 Jan. gevangen genomen door verraad. De mislukte aanslag van Slatius, waaraan men hen medeplichtig achtte, verzwaarde hunne procedure. 2 Mei werden zij tot eeuwige gevangenschap veroordeeld en naar Loevestein gebracht. 2 Juli kwam zijn vrouw bij hem met eenige kinderen. Op een tocht naar Gorcum verdronken zijn vrouw en een dochtertje. Bij zijne briefwisseling bediende hij zich van de schuilnamen: Andries, Sr. van Cleef, de Clever, Clivensis en misschien Melanthe. 19 Juli 1631 ontvluchtten de loevesteinsche gevangenen en bleven verder ongemoeid. In dat jaar besloot men de gemeenten van vaste predikanten te voorzien. Niellius behoorde met Wtenbogaert, Episcopius, Cupus, Mathisius, C. Rijckewaert en S. Lansbergen tot de commissie, die dit lastige werk had te regelen. Eerst bediende hij de amsterdamsche gemeente in commissie, sinds 1636 werd hij haar oudste predikant Hij hertrouwde in 1632 met eene utrechtsche dame.
Toen in 1636 Voetius de remonstranten weder aanviel, trad Niellius nogmaals als hun verdediger op en schreef onder den schuilnaam Timotheus Philopatris: Proeve van de oprechticheydt Voetii. Met Prevostius en Huttenus heeft Niellius na den dood van Episcopius in 1643 onderwijs gegeven aan het seminarium der remonstranten. In 1649 vroeg hij ontslag van die taak wegens hoogen ouderdom. In 1652 was hij nog voorzitter der alg. vergadering. Maar in dat jaar overleed hij.
Zijn door Th. de Keyser in 1634 geschilderd portret is in de remonstrantsche Kerk te Amsterdam (Cr. de Passe sc.).