De juridische stellingen waren van ondergeschikt belang, maar Tomasi viel met zulk eene heftigheid de duitsche rechtspleging aan, dat de eer der duitsche wetenschap een afdoend verweer vorderde. Daar de Italiaan het aangeboden openbaar dispuut ontweek, schreef Hoogstraten ter weerlegging een klein geschrift: Justificatorium principum Alemanniae (Colon. 1508). Dit prikkelde den hartstochtelijken tegenstander tot nieuwe aanvallen. Om hem het zwijgen op te leggen schreef Hoogstraten in 1509 zijn Protectorium principum Alemannie de maleficis non sepeliendis contra Ravennaten, dat hij naar verschillende hoogescholen en geleerden ter beoordeeling zond. De theologische en juridische faculteiten van Keulen en Leuven, de bisschoppelijke kanselarijen van Luik en Utrecht, een dertigtal geleerden hechtten hunne goedkeuring aan zijn betoog. Het twistvuur doofde thans plotseling uit door den dood van Tomasi, in 1510.
In 1508 werd P. Hoogstraten tot prior van Keulen gekozen, aan welke waardigheid krachtens pauselijke volmacht het inquisiteursambt over de diocesen Keulen, Mainz en Trier was verbonden. Als eerste daad van zijn geloofsonderzoek schreef hij een klein tractaat om de meening te veroordeelen van hen, die het geoorloofd achtten bij heksen en toovenaars hulp te zoeken tegen de hekserij: Tractatus magistralis declarans quam graviter peccent quaerentes auxilium a maleficis (Colon. 1510). Uit inhoud en toon van dit geschrift bleek, dat hij zijn ambt streng opvatte. Spoedig zou hij daarvan nog meer bewijzen geven. In 1512 werd zijn hulp ingeroepen in het proces van Herman van Rijswijk. Reeds in 1502 was deze ongelukkige, na afzwering zijner godslasterlijke dwalingen, tot levenslange gevangenschap veroordeeld geworden, maar, uit den kerker ontsnapt, had hij dezelfde dwalingen in woord en geschrift verbreid. Thans wederom in de handen van het gerecht gevallen, zou hij zijne straf niet ontgaan. Jacob van Hoogstraten met Jacob Ruysch, deken der hofkapel te 's Gravenhage, veroordeelden hem als hervallen ketter, en leverden hem over aan het Hof van Holland, om hem te straffen, ‘zooals van rechtswegen behoorde’.
De grootste ruchtbaarheid verkreeg de keulsche inquisiteur door zijn optreden tegen Reuchlin. De Augenspiegel, waarin Reuchlin de Israelieten tegen het onbezonnen drijven van Pfefferkorn in bescherming nam, maar tevens stellingen verkondigde, waaraan de rechtzinnigen aanstoot konden nemen, kon de goedkeuring der keulsche universiteit niet wegdragen, aan wie het hoogste censuurrecht in Duitschland toekwam. Hoogstraten was het eens met Pfefferkorn, in zoover deze de vernietiging eischte der rabbijnsche boeken, die reeds meermalen door de Kerk verboden waren, doch hij weigerde dezen ijveraar te volgen, waar deze ook den hebreeuwschen bijbel aan het vuur wilde prijsgeven. Den Joden wilde hij hun bijbel laten behouden.
Deze tegenstand bracht den gevierden humanist, die in den heftigen strijd met Pfefferkorn reeds overprikkeld was, tot het schrijven van een smaadschrift, waarvan de titel: ‘Defensio J. Reuchlin contra calumniatores suos Colonienses genoeg doet denken. Blind fanatisme, nijd, winstbejag en andere onedele beweegredenen werden hun verweten. Hoogstraten had inmiddels den Augenspiegel aan het oordeel der theologische faculteiten van Leuven, Keulen, Mainz, Erfurt en Parijs onderworpen. Zij allen waren eenstemmig in de
Auteursrecht onbekend