beide opzichten zijn blijken van waardeering niet uitgebleven. Werd zijn advies in rechtszaken herhaaldelijk ingewonnen, groot ook is zijn invloed bij tal van hoogleeraarsbenoemingen geweest. Door curatoren werd zijn onderwijs op hoogen prijs gesteld; toen Leiden in 1631 door het vertrek van Vossius een gevoelig verlies had geleden, werd hem behalve belangrijke traktementsverhooging de titel van raad der universiteit verleend; toen Utrecht hem in 1634 tot hoogleeraar wenschte te beroepen en het gerucht ging, dat C. niet ongeneigd zou zijn dit aan te nemen, werd hiervan afgezien, daar Utrecht vreesde, dat dit door Holland kwalijk zou worden genomen en zulks voor de nieuwe hoogeschool nadeelig zou zijn. Reeds in Nov. 1620 hadden curatoren hem benoemd tot bestuurder van het nieuw opgerichte collegium oratorium, bij welke gelegenheid hij een rede hield: Exercitationum oratoriarum, quae auctoritate publica in academia Leidensi institutae sunt, inauguratio. De Staten van Holland benoemden hem - op een belangrijk jaargeld - tot hun raad voor zaken van handel, die van Zeeland kort voor zijn dood tot historieschrijver. Als gevierd redenaar hield hij de lijkreden voor zijn ambtgenooten Vulcanius (1614), Vorstius (1624), Bronchorst (1627), Swanenburg (1630) en Burgersdijk (1636). Toen in 1632 een poolsch student, vertoornd, dat zijn knecht wegens doodslag met den dood was bestraft, een beleedigende oratie tegen curatoren en senaat had gehouden, hield C. zijn vermanende rede super caussa judiciaria senatus academici.
Na reeds vroeger op de nominatie te hebben gestaan, werd hij in 1623 rector-magnificus; in 1624 herbenoemd, legde hij dit ambt in 1625 neer met een rede de Necessitate et praestantia litterarum. Later nog bij herhaling benoemd, werd het rectoraat in 1633 neergelegd met een rede ad Authent. habita C. ne filius pro patre en in 1638 met een rede de Annis climactericis et eorum vi in rerumpublicarum et civilatum conversione.
Minder aangenaam daarentegen, hoewel op vreedzame wijze beëindigd, was de aanmaning door de Synode, in 1619 te Leiden vergaderd, tot hem gericht als van Arminianisme beschuldigd, om schriftelijk, bij de eerste gelegenheid de beste, reparatie te doen van de ergernis, die door zijn geschriften, vooral zijne reeds genoemde Satyra, was veroorzaakt. Dit geschrift, herhaaldelijk herdrukt en als Gekken te koop in het nederlandsch verschenen, bevatte niet alleen tegen het toentertijd gebruikelijk vertoon van geleerdheid, maar ook tegen de toenmalige theologische twisten een scherpe critiek. Wel beloofde Cunaeus zich schriftelijk te zullen verontschuldigen, maar deze belofte is niet ingelost.
Cunaeus, sinds 28 Mei 1616 gehuwd met Maria van Zeyst, de dochter van Leidens pensionaris Nicolaas v.Z., had 7 kinderen, van wie de oudste zoon, de bekende Joannes, hiervoor gaat.
Geschriften: Animadv. Lib. in Nonni Dionysiaca, in quo errores et inscitiam illius autoris persecutus est (1610) (opgedragen aan Johan van Oldenbarneveldt en Corn. v.d. Mijle); Sardi Venales, Satyra Menippea in hujus seculi homines plerosque inepte eruditos. Addita est ex ejusdem interpretatione Juliani Imperatoris satyra in Caesares Romanos (Lugd. Bat. 1612) (het eerste opgedragen aan Rum. Hogerbeets en Apollonius Scottus, het tweede aan Nic. van Zeist); de Republica Hebraeorum Libri III (L.B. 1617,
Auteursrecht onbekend