Voor het kanaal door Holland op zijn smalst, voor de verbetering van den Rotterdamschen Waterweg, voor een ontwerp tot het droogmaken van kleine plassen in Schieland, voor een uitwateringskanaal in de Noordzee te Scheveningen, voor het onderzoek der vraag, wat gedaan behoorde te worden naar aanleiding van het verslag over den verhoogden waterstand op de Waal en Merwede, voor het onderzoek van den waterkeerenden toestand van den nieuwen zuider-Lingedijk, voor de verbetering van den waterafvoer van Friesland. Nog maakte hij voor de gemeente Leiden een ontwerp op voor verbetering van het water der grachten, deed hij in 1863 met van der Kun in opdracht van minister Thorbecke een reis naar België en Frankrijk, tot onderzoek van haveninrichtingen met het oog op de ontworpen scheveningsche haven, en bracht hij in 1864 met F.W. Conrad een verslag uit over watervrijmaking eener voorstad van Hamburg.
Hij zal zeker in al deze commissiën nuttige wenken hebben gegeven. Maar van sommige onderwerpen kan hij niet op de hoogte geweest zijn, in het bijzonder niet van den Nieuwen Rotterdamschen Waterweg. Als voorbeeld kan een twistgeschrijf tusschen den ingenieur Caland, die onder Beijerinck diende, en den hydrograaf der nederlandsche zeegaten, den zeeofficier Blommendal, aangehaald worden. In deze correspondentie is het merkwaardig zooals de rapporten van Beijerinck niets doen dan de denkbeelden van Caland met andere woorden herhalen (zie het Eindverslag der Staatscommissie van 1878, blz. 57 der bijlagen).
In 1865, op den leeftijd van 64 jaren, gaf Beijerinck een hoogst belangrijk geschrift uit, waarin hij het voorstel deed om het zuidelijk deel der Zuiderzee droog te maken door een dijk van nabij Enkhuizen bezuiden Urk naar een punt bij Kampen. Hier was hij weder geheel meester van het onderwerp. Hij hield den IJsel buiten de droogmakerij en hierdoor werd een der bezwaren tegen het ontwerp van Diggelen (later heeft Lely hiervoor een schoone oplessing gegeven door zijn afsluitdam Wieringen-Piaam te combineeren met dijken voor de 4 groote droogmakerijen) vermeden; ook overigens had Beijerinck's ontwerp geen der bezwaren van van Diggelen's plan, waaronder in het bijzonder de moeilijkheid om de zeegaten niet zeer ver van hun zeeëinde af te dammen.
Toen F.W. Conrad 1 Mei 1866 tot hoofdinspecteur benoemd werd, werd Beijerinck in zijn plaats inspecteur in de 2e inspectie, waarvan Utrecht, Noord- en Zuid-Holland en Zeeland deel uitmaakten; daarbij werd met ingang van denzelfden datum nog Noord-Brabant gevoegd.
Ook als inspecteur is Beijerinck nog in verschillende commissiën benoemd, als:
Tot onderzoek van het drinkwater te 's Gravenhage, naar aanleiding van de in 1866 heerschende cholera, betreffende de afdamming van het Sloe en de Ooster-Schelde (internationale commissie), voor het verruimen en rectificeeren van den Krommen Rijn en omtrent de calamiteuse polders in Zeeland.
Toen Conrad in het begin van 1870 overleden was, begreep Beijerinck, dat het ook zijn tijd was om heen te gaan en verzocht hij zijn eervol ontslag, dat hem met ingang van 1 Apr. 1870 verleend werd. Hij werd tegelijk tot hoofd-inspecteur-titulair benoemd.
In 1850 werd hij lid van het Bataafsch Genootschap te Rotterdam.
Beijerinck huwde 8 Juli 1824 met Helena Lydia Roest, geb te Dordrecht 23 April