In Dôle waren het bijna zeker de Rechten. Systematische
theologische studie begon feitelijk pas in Genève. Graag zou men het
innerlijk verloop kennen van zijn overgang naar het Calvinisme. Hij zelf
schijnt veeleer een langzaam overgangsproces te suggereren: ‘Sedert God
me de ogen opende om de weg van mijn heil te kennen, de weg die ik eerlijk en
vlijtig gezocht heb, zonder te veroordelen, wat ik niet kende...’
Op die zoektocht heeft hij, naar wat we van hem menen te vernemen,
veel negatiefs ontmoet en opgemerkt: grove misbruiken in de Kerk, onwetendheid
en wangedrag van geestelijken, bijgelovige ongerijmdheden bij de
heiligenverering, belachelijke legenden. Het Calvinisme bracht hem echter meer
dan een negatief inzicht. Het heeft hem binnengeleid in de reformatorische leer
en in de wereld van de Bijbel.
Vanaf mei 1562 duiken de gebroeders Marnix opnieuw op in de
Nederlanden.Philips was toen amper 22 jaar oud. Een
jonge, humanistisch en reformatorisch-gevormde man die in een tijd vol
beroering en gevaar, vol geheimzinnigheid en camouflage, een verbluffende en
veelzijdige religieuze en politieke activiteit zal ontplooien: theoloog en
rebel, dichter en krijger, secretaris en diplomaat, gouverneur en burgemeester,
bibliofiel en botanicus, polygloot en redenaar.
Aanvankelijk heeft hij zich stil gehouden, ‘verborgen’,
zoals hij later zei, ‘onder het kruis van de vervolgingen’. Maar
weldra geraakt hij betrokken bij de oppositie tegen de regeringspolitiek. Meer
dan 30 jaar lang speelt hij dan een politieke rol die wel onderbroken wordt
door periodes van ongenade en ‘binnenlandse emigratie’.