Christus sou gedoen het as hy in Genève was. Hy sou die ongelukkige vlugteling met trane omhels en op die voorhoof gekus het.’
Servetus is egter die volgende dag gearresteer en in die gevangenis gewerp. Eers op 14 Augustus vind sy verhoor plaas. Die proses het drie maande geduur. Nooit vir 'n oomblik het die geleerde wêreld gedroom dat die Gereformeerde Kerk tot die uiterste sou oorgaan nie. Volgens die wet van Switserland was die uiterste straf verbanning. Daar was geen wet waaronder die doodstraf toegepas kon word nie. Die aanklaer het egter sy toevlug tot die Romeinse Wet geneem om Servetus se veroordeling te verseker.
Op 26 Oktober is die vonnis gevel, naamlik dat Michael Servetus ‘lewend geheel tot as verbrand sal word’, en op 27 Oktober 1553 is die vonnis te Champel naby Genève voltrek.
Al die Gereformeerde Kerke van Genève is geraadpleeg en eenparig is ten gunste van die voltrekking van die vonnis gestem. Histories is daar vandag nie die minste twyfel dat die stem slegs die stem van Calvyn was nie. Volgens die stukke van die teregstelling het Calvyn onthoofding aan die hand gedoen in plaas van die vuurdood, maar hy kon die suggestie nie baie dringend voorgedra het nie want dit is seker dat hy in staat was om sy wil in dié opsig te laat geld indien hy dit werklik verlang het.
Servetus se dood het soos 'n elektriese skok deur Europa gegaan. In die kerk self het groot onenigheid ontstaan as gevolg daarvan. Maar Calvyn, ten minste, het nooit die geringste twyfel of oor sy eie gedrag die minste berou getoon nie. Sy groot assistent, Beza, het die doodstraf namens die Gereformeerde Kerke van Genève hardnekkig verdedig.
Ongetwyfeld was die dood van Servetus die fondamentlegging van die vyandskap tussen die wetenskap en die godsdiens wat vandag nog voortleef.
Daar is min historiese persoonlikhede uit die periode van wie die loopbaan meer noukeurig nagespoor is as dié van Servetus. Deur vriend en vyand is elke wending van sy lewe uitgepluis en in die daglig gestel. Die geskiedenis het slegs één oordeel oor hom. Ofskoon hy in baie opsigte 'n kind van sy tyd was, was hy een van die merkwaardigste genieë wat die wêreld ooit geken het; sy lewe was skoon en voorbeeldig; sy karakter en sienswyse oor alle sake altyd verhewe en merkwaardig. Op die laaste het hy nog trots verklaar: ‘Die mense verstaan die karakter en leer van Christus nie.’
Ná sy dood het al die wetenskaplike voormanne van die tyd getuienis omtrent sy bekwaamheid en genie afgelê. Günther erken dat daar geen groter anatoom was nie (nulli secundus). Selfs die hervormer Melanchthon, opvolger van Luther, skryf in 'n vriendelike sin oor Servetus.
In ons tyd het daar 'n wedywering onder die nasies van Europa ontstaan om eer te doen aan die groot wetenskaplike ontdekker. In 1900 is die eerste lewensgroot standbeeld van Servetus in Madrid opgerig - in Rooms-Katolieke Span-