departementen: het departement administratie onder leiding van von Craushaar, vice-Militärverwaltungschef en rechterarm van Reeder, en het departement economie met aan het hoofd kolonel Nagel, die vrij spoedig vervangen wordt, eerst door dr. Schlumprecht, daarna door dr. Beyer.
Het eerste departement behandelt alle zuiver bestuurlijke aangelegenheden, zoals onder meer justitie, financiën, volksgezondheid, politie, cultuur, posterijen, vervoer, enz... Het tweede staat in voor de economische aangelegenheden: voeding, landbouw, prijzenregeling, tewerkstelling, banken, kredietinstellingen, verzekeringen, mijnen, enz... Een Präsidialburo, eveneens onder leiding van von Craushaar, is tenslotte bevoegd voor de gemeenschappelijke zaken: zuiver politieke kwesties, wetgeving, personeelsdienst, chauffeurs, ordonnansen, thesaurie van het militair bestuur, enz... Ieder departement bestaat uit een aantal groepen en elke groep uit een aantal referaten. De Militär-verwaltung te Brussel is op dezelfde wijze georganiseerd als de Belgische en Duitse centrale diensten. Iedere Duitse rijksdienst, met uitzondering van de Sicherheitspolizei, is in de staf van Reeder vertegenwoordigd. In principe behandelt elke groep van de twee departementen de aangelegenheden waarvoor de corresponderende Belgische centrale diensten te Brussel en/of de Duitse centrale diensten te Berlijn bevoegd zijn. De gewestelijke organisatie van de bezetter in België is op dezelfde leest geschoeid als de structuur aan de top te Brussel. Voor één of meer provinciën zijn er de Oberfeld- of Feldkommandanturen, eveneens met een Kommandostab en een Verwaltungsstab. Een Oberfeld- of Feldkommandantur groepeert een aantal Kreiskommandanturen die voor één of meer arrondissementen zijn opgericht. Op lokaal vlak zijn er tenslotte de Ortskommandanturen.
De Duitsers brengen hun bestuursapparaat zodanig in overeenstemming met de administratie van het bezet land dat een Duitse dienst op hetzelfde niveau telkens een tegenspeler heeft. Voor de Militärverwaltungschef zijn dit de secretarissen-generaal, voor de Oberfeld- of Feldkommandanten de provinciegouverneurs, voor de Kreiskommandanten de arrondissements-commissarissen en voor de Ortskommandanten de burgemeesters.