gen’ begon op te merken in de katholieke
leer. Zelfstandig denken en zelfstandig optreden bleef hem kenmerken. Op
zeventienjarige leeftijd trouwde hij tegen de wil van zijn ouders met een veel
ouder en bovendien arm meisje en werd toen, op voorspraak van zijn schoonzuster
- maîtresse van Reinoud van Brederode - hofmeester op het slot Batestein in
Vianen. Daardoor raakte hij thuis in een milieu
waar men kritisch stond tegenover de autoriteit van de kerk, en waar men tevens
de eigen rechten tegenover de landsheer, toen Karel V, met hartstocht
verdedigde. Later zou de oudste zoon van het gezin Brederode, Hendrik, een van
de aanstichters en steunpilaren van de opstand worden. De goedvoorziene
bibliotheek bracht Coornhert in kennis met het werk van Luther, Calvijn, Menno
Simonsz. en anderen die het gezag van Rome niet wensten te erkennen.
Omdat het hofleven hem toch niet bevalt, trekt Coornhert een paar jaar later naar
Haarlem waar hij aanvankelijk als tekenaar en graveur in zijn onderhoud voorziet
en vervolgens carrière maakt in de ambtelijke wereld. In 1564 wordt hij
secretaris van de burgemeesters, een functie die hem in staat stelt invloed uit
te oefenen op het gemeen telijk beleid. In die tijd komt zijn schrijverschap
goed op gang, onder meer door vertalingen van de klassieke auteurs Cicero en
Seneca. Zijn theologische denkbeelden gaan vaste vormen aannemen. Zoals
hierboven al vermeld, staat hij kritisch tegenover Rome, maar anderzijds heeft
hij de grootst denkbare bezwaren tegen het leerstuk van de predestinatie zoals
dat bij de grote reformatoren wordt verdedigd. Zijn scherpste pijlen schiet hij
daartegen af. Voorstander van religieuze tolerantie, probeert hij een eigen
standpunt te verdedigen, een moeilijke zaak in een periode dat de partijen
vijandig tegenover elkaar staan en als devies het ‘wie niet voor mij is, is
tegen mij’ voeren.
Zijn werk als stadssecretaris van Haarlem brengt hem in
contact met prins Willem van Oranje, stadhouder van Holland. De prins ziet een
medestander in deze strijder voor godsdienstvrijheid die bovendien goede
contacten met de Brederodes heeft. Maar Coornhert bindt zich niet. Als een waar
regent stelt hij zich voorzichtig op, probeert de redelijkheid niet uit het oog
te verliezen en alle partijen zoveel mogelijk tevreden te stellen. Enerzijds
geeft hij door schriftelijke stukken steun aan de gerechtvaardigde verlangens
van het Nederlandse verzet tegen Spanje, maar anderzijds tracht hij excessen te
voorkomen; aan hem is het bijvoorbeeld mede te danken dat Haarlem geen
beeldenstorm heeft gekend. In 1566 werd in deze stad zelfs een openbaar debat
over de godsdienst gevoerd tussen enkele priesters enerzijds en een paar
vertegenwoordigers van de gereformeerden anderzijds. Coornhert zorgde voor de
notulen.