kerkbestuur en gaf als zijn meening te kennen, dat Kocken handelde in strijd met art. 29 van het Reglement op de Kerkeraden. Kocken, die tevoren niet op dat artikel was opmerkzaam gemaakt, gaf de juistheid van deze meening toe en liet het gewraakte besluit intrekken, maar verklaarde toch de toediening van den doop te zullen weigeren, als hij meende dit te moeten doen en dit niet in strijd was met Gods Woord en de Synodale reglementen. Het Provinciaal kerkbestuur vond hierin aanleiding, hem den 11en December 1872 in zijn ambt te schorsen; ook Rullmann acht Kocken's houding in dezen in menig opzicht onverdedigbaar en zijn standpunt omtrent het toedienen van den Doop verre van onbetwistbaar. Kocken ging in hooger beroep bij de Synode, die het besluit van het Provinciaal kerkbestuur bevestigde, welk vonnis van verschillende kanten critiek ondervond: het moderne weekblad De Hervorming erkende, dat de Synodale wetgeving op dit punt niet volledig was, en Dr. A. Kuyper noemde in het Zondagsblad het vonnis kortweg onverdedigbaar.
Kocken zelf kwam thans tegen het hoogste kerkelijk bestuur rechtstreeks in verzet en kondigde op 13 Maart 1873 openlijk af, dat hij de Synode niet zou gehoorzamen. Kerkeraad en stemgerechtigde leden waren op zijn hand, zoodat hij ondanks de schorsing met de wekelijksche prediking in de kerk voortging. Toen volgde op 16 April 1873 Kocken's ontzetting uit het ambt en uit het lidmaatschap der Ned. Herv. kerk, waarna hij over deze zaak in 't licht deed verschijnen: De vraag: Wat is te Moerdijk geschied? beantwoord. Mededeeling der Officiëele bescheiden, voorafgegaan van eene Inleiding. Eerste gedeelte (Utr. 1873), weldra gevolgd door een Tweede gedeelte (Utr. 1873) en een Derde gedeelte. Uitspraken der Synodus contracta en van het Provinciaal Kerkbestuur van Noord-Brabant, benevens de processtukken (Utr. 1874).
In den bestaanden toestand kwam echter geen verandering: Kocken bleef preeken, woonde in de pastorie en wilde het archief niet afgeven. Thans werd de zaak voor de rechtbank te Breda gebracht, waar Kocken zichzelf op 10 Februari 1874 verdedigde, maar bij vonnis van 31 Maart d.a.v. in het ongelijk werd gesteld. De Rechtbank achtte het een zuiver kerkelijke zaak, waarin zij de beslissing der betrokken kerkelijke colleges eerbiedigde. Nog gaf Kocken het niet op en ging in hooger beroep bij het Provinciaal Hof te 's-Hertogenbosch, waarvoor hij zich verdedigde in een Pleitrede uitgesproken voor het provinciaal Geregtshof van Noord-Brabant op den 5en Januari 1875, die in 't licht verscheen. Het Hof verklaarde echter wegens den vorm het appèl niet ontvankelijk. Om de proceskosten te kunnen voldoen, werden Kocken's goederen verkocht, waarover hij een Open brief aan de leden van het Provinciaal Geregtshof te 's-Hertogenbosch, bij gelegenheid der regterlijke verkooping mijner onroerende goederen. Met bijlagen (1875) publiceerde, maar nog wilde hij het archief niet afgeven. Ook deze zaak werd bij de rechtbank te Breda aanhangig gemaakt, die Kocken opriep, om voor haar te verschijnen. Gedachtig aan de reden, waarom hij bij het vonnis dier rechtbank van 31 Maart 1874 in 't ongelijk was gesteld, achtte Kocken het raadzaam, een vruchtelooze procedure te vermijden en leverde thans het archief over. De redenen, die hem daartoe bewogen hadden, zette hij uiteen in: Waarom ik niet ten tweeden male voor de Regtbank te Breda verschenen ben? Eene vraag volgens belofte per brief beantwoord (1875).
Toch bleef Kocken zich als de Ned. Hervormde predikant van Moerdijk beschouwen, waarin zijn kerkeraad hem steunde. In 1876 gaf hij dan ook eene Memorie van toelichting uit naam en op last van den Kerkeraad en van de Kerkvoogdij der