Knappert was iemand, op wien het ‘integer vitae scelerisque purus’ in bijzondere mate van toepassing was. Hij had een instinctmatigen afkeer van alle onreinheid; daarmede ging bij hem gepaard een neiging tot deftigheid, die hem op zekeren afstand deed blijven van het vulgaire. Tevens was hij echter uiterst mild in zijn beoordeeling van personen. Uit volle overtuiging modern theoloog en predikant, wist hij ook andersdenkenden te waardeeren; zijn biograaf Chavannes vermeldt van hem zelfs de uitspraak: ‘Ik dank God dat er nog orthodoxie is; want dáár is het kleinood der religie nog bewaard gebleven’. Maar hoe soepel ook in het bepalen van zijn kerkelijk standpunt en hoe toegefelijk en beminnelijk in den omgang, toch was hij een man van karakter, die beslist wist wat hij wilde, zooals met nadruk bij zijn begrafenis werd getuigd door zijn ambtgenoot te Amsterdam Prof. Dr. P.J. Muller, met wien hij in de beste verstandhouding enkele jaren mocht samenwerken. De invloed, die van zijn persoon en optreden uitging, was niet alleen uit zijn woorden te verklaren, maar uit heel zijn persoonlijkheid. Het is dan ook opmerkelijk dat hij evenals zijn leermeester Kuenen, na zijn verscheiden, meer nog als mensch dan als geleerde geprezen is.
Zijn liefde voor de Theologie bleef hem tot het einde ongeschokt eigen, evenals voor de Kerk, die hij diende. Optimistisch van aanleg bleef ook zijn vertrouwen in haar toekomst tot het einde toe onverminderd. Zijn ideaal in dit opzicht was een Kerk, waarin plaats was voor alle kerkelijke richtingen. Was hij als hoogleeraar bij zijn studenten geliefd, niet het minst als predikant liet hij bij zijn vrienden en catechisanten onvergetelijke herinneringen achter. Als prediker had hij den tijd gekend, dat de Pieterskerk te Leiden vol zat tot aan de allerachterste banken. Voor elken hoorder, ontwikkelden en onontwikkelden, had hij een woord. Het geheim hiervan lag niet zoozeer in uiterlijke welsprekendheid, al was hij ook in dat opzicht niet van gaven ontbloot, het indrukmakende en aantrekkelijke van zijn prediking lag in de vaste overtuiging, in de kalme zekerheid van zijn geloof, die zich onwillekeurig, onbewust bijna, uitte in woordenkeus en stembuiging. Wat hij verkondigde was voor hemzelf realiteit, meer dan het zichten tastbare.
Aan zijn liefde voor Theologie en Kerk paarde zich bij hem van jongs af liefde voor de natuurkundige en wiskundige wetenschappen; gaarne vooral verrijkte hij zijn kennis van de sterrekunde; nog op later leeftijd liet hij daartoe een mooien verrekijker uit München komen.
Als hoogleeraar gaf hij niet veel in geschrifte uit. Hij koesterde zekere vrees iets aan de pers toe te vertrouwen. Bij zijn overlijden liet hij in handschrift na een ‘Leven van Jezus’ en een ‘Goed recht van den Godsdienst’. Het lag in zijn bedoeling dat de drie stukjes van zijn hier onder vermelde Handleiding, alle bestemd om gebruikt te worden bij het mede door hem bezorgde vraagboekje, nog door twee zouden worden gevolgd: over de geschiedens van het Christendom en van het Christelijk leven, maar tengevolge van zijn vele ambtsbezigheden te Amsterdam, bleven deze in de pen. Daarbij kwam dat hij ook als hoogleeraar van alle zijden werd uitgenoodigd voor de vervulling van preek- en spreekbeurten. Hieraan onttrok hij zich in den regel niet, zoodat hij heel het land doorreisde. Met ijver diende hij bovendien verschillende vereenigingen; vaak vond hij daarbij zijn plaats onder haar bestuursleden of aan hun hoofd. Vele jaren was hij voorzitter van den Nederlandschen Protestantenbond en van de Vereeniging tot steun van verwaarloosden en gevallenen, waarvan hij een der oprichters was (2 Nov. 1886); te Leiden gaf hij ook den stoot tot oprichting van een Zondagsschool, uitgaande