Riouw. In 1879 was zijn Bijbelvertaling voltooid. Steun van particulieren, zoowel als van andere zijde (o.a. f 1500 als subsidie van het Ned. Bijbelgenootschap) hadden hem in staat gesteld de uitvoering te bekostigen, terwijl hij zelf zich daartoe bezuinigingen getroost had en een stichtelijke courant had doen verschijnen, waardoor hij tevens hoopte weldadigen invloed op de bevolking te oefenen.
Nadat het werk was ten einde gebracht vestigde Klinkert zich in het vaderland, te Druten, om daar een kleine boerderij te beheeren. Dit verblijf duurde echter slechts kort, want enkele maanden later, in Juli 1879 werd hij naar Leiden geroepen als leeraar der Maleische taal aan de Indische Instelling tot opleiding van Indische ambtenaren. Toen deze in 1894 werd opgeheven, trad hij op als Lector aan de Universiteit aldaar, om de Maleische taal en letterkunde te onderwijzen. Als zoodanig bleef hij werkzaam tot 1904. Bij zijn aftreden, op 75 jarigen leeftijd, decoreerde de Regeering hem met de Officiersorde van Oranje-Nassau. Nog in de laatste negen jaren van zijn leven bleef hij, al was 't zonder aanstelling, onafgebroken werkzaam. Hij overleed te Leiden den 20en Nov. 1913.
Groot is het getal dergenen, die hun opleiding voor den O.I. Archipel aan hem te danken hebben. Aan zijn bescheidenheid en onbaatzuchtigheid paarde hij warmen ijver en liefde tot zijn roeping. Aan het Bijbelgenootschap voelde hij zich nauw verbonden; het deed hem kennelijk goed de jaarvergaderingen geregeld te kunnen bijwonen. Toch is hij ook in later tijd in betrekking gebleven tot het Ned. Zendelinggenootschap. Zijn voornaamste werk was de Bijbelvertaling, waaraan hij het grootste deel van zijn leven heeft gewijd. Deze vertaling, die hij telkens weer is blijven nazien en bijwerken, wordt in Indië behalve in Ambon, tot groote tevredenheid gebruikt.
Maar ook tal van andere werken verschenen van zijn nimmer rustende hand op grammaticaal en litterarisch gebied, o.a. een Maleisch-Nederlandsch en een Nederlandsch-Maleisch Woordenboek; juist toen hij met de herziening ervan bezig was overviel hem de dood. Voorts gaf hij als zendeling een traktaatje uit, door hem uit het Fransch in het Latijn vertaald, en een gezangboekje, waarin zeven bekende Psalmen en even zoovele gezangen uit het Nederlandsch in het Maleisch overgebracht. Ook bewerkte hij het Bijbelsche verhaal van Jozef en gaf hij drie jaar achtereen een Christelijken almanak uit in het Maleisch. Bovendien zette hij de Handleiding bij het Bijbelsch onderwijs van Prof. Dr. J.I. Doedes in die taal over; door vriendelijke hulp van een belangstellende familie in Nederland werden van deze vertaling 6000 exemplaren gedrukt en hem kosteloos toegezonden. Ter verspreiding van deze geschriften nam hij twee colporteurs in dienst, die er eerst in de omliggende kampongs mee rondgingen ter uitdeeling bij kazerne-, hospitaal- en gevangenisbezoek, en daarna in wijder omtrek. Maar meer dan door dat alles zal Klinkerts naam onvergetelijk blijven in verband met de Bijbelverspreiding in den Archipel.
Litteratuur: A.A. Fokker, H.C. Klinkert en zijn werk als malaicus, in: De Indische Gids, 36e Jrg. I. (Amst. 1914), blz. 781-786. - Doopsgez. Bijdr. Jrg 1885, blz. 60-63; 1886, blz. 74, 82, 83; 1887, blz. 32-39, 43-45; 1890, blz. 39-48; 1891, blz. 34; 1892, blz. 38. - Kruijf, Gesch. v.h. Ned. Zendel. Gen. (reg.). - Voorts dagbladberichten n. aanl. van zijn overlijden.