Over de geschiedenis en letterkunde der Samaritanen publiceerde Juynboll: Commentarii in historiam gentis Samaritanae (Lugd. B. 1846) en den Arabischen tekst van een Samaritaansche kroniek: Chronicon samaritanum arabice conscriptum cui titulus est Liber Josuae (Lugd. B. 1848). Van zijn kennis van het Arabisch getuigden, naast laatstgenoemd geschrift, ook nog de volgende uitgaven: Studie over een Arabische vertaling van de Pentateuch in dl. II (blz. 113 vv.) der Orientalia, edd. Juynboll, Roorda, Weyers, 2 dln. (Amst. 1840, 1846) en onvoltooide uitgaven van twee Arabische teksten. De eerste is Jaqut's verkort geographisch woordenboek: Maracid alittila, 4 dln. (Leid. 1850-1864), waarvan één deel Arabische tekst is, door Juynboll in samenwerking met J.J.B. Gaal bewerkt en drie deelen inleiding en noten, waarvan twee na zijn dood verschenen. De tweede is Abu'l Mahasin ibn Tagri Bardii Annales, 2 dln. (Leid. 1852, 1861), bewerkt met B.F. Matthes. Bovendien gaf hij nog: Letterkundige bijdragen, 3 st. (Leyd. 1838-1840), bevattende: Opmerkingen tot toelichting van eenige punten der Hebreeuwsche Letterkunde en der Grieksche, Romeinsche, Carthaagsche en Numidische Oudheid enz.; Beschrijving van een Arabischen codex der Franeker bibliotheek, bevattende de vier Evangeliën en een. Proeve tot opheldering van den toestand van Midden-Azië in vroegere eeuwen enz.
Van Juynboll bestaat een portret, te halver lijve, links, zittend, in toga, een boek in de rechterhand, lithographie met facs. door J.P. Berghaus in 1841 vervaardigd, en één op ouderen leeftijd met facs., door D.J. Sluyter, voorkomend in den Leidschen Stud. Alm. van 1854.
Litteratuur: Molhuysen en Blok, N. Biogr. Wdb., I, 1238. - H.J. Koenen, Ter nagedachtenis van J., in Jaarb. Kon. Acad., 1861, 129 vv. - Kuenen, Nekrologie van J., in Alg. Konst- en Letterb., 1861, 321 vv. - M.J. de Goeje, Nekrologie van J., in Ned. Spectator, 1861, 326. - Bouman, Godgel., 293. - Academia Groningana, 1614-1914, 100, 115. - Cat. Doopsgez. Bibl., I, 286. - Cat. Letterk., I, 95, 979, 980, 985, 997; II, 24, 25, 889. - V. Someren, Cat. v. Portr., I, 147; II, no. 2846. - Alb. Stud. L.B., 1256.