alhier promoveerde hij op 11 Februari 1836 tot doctor in de theologie op een Dissertatio de Justino martyre apologeta adversus ethnicos (Lugd. B. 1836). Den 27en November 1837 te Geervliet beroepen, predikte hij op 22 April 1838 te Benthuizen afscheid en diende zijn tweede gemeente van 29 April d.a.v. tot 6 October 1844, toen hij naar Tiel vertrok, dat hem op 3 Juli 1844 tot voorganger had gekozen en waaraan hij zich op 16 October d.a.v. verbond. Den 14en October 1860 herdacht hij zijn 25jarige ambtsbediening met een Leerrede over Rom. 1:16 (Tiel 1861) en op 17 October 1875 zijn veertigjarigen dienst met een leerrede, getiteld: De strijd van den Evangeliedienaar in de laatste 40 jaren (Tiel 1875). Hij overleed den 3en September 1879, den naam achterlatend van ‘een man van groote bekwaamheid en onvermoeide werkzaamheid’. Dit laatste blijkt ook uit de aanzienlijke kerkelijke betrekkingen, die hij waarnam: bij zijn overlijden was hij lid der Synodale Commissie en president van het Prov. kerkbestuur van Gelderland, terwijl hij in 1864, 1868 en 1871 het voorzitterschap van de Synode bekleedde. In 1873 maakte hij deel uit van een ‘Commissie van advies ter zake eener reorganisatie van kerk en kerkbestuur’, die een Rapport ('s-Grav. 1873) uitgaf, waarin een afzonderlijk voorstel van zijn hand staat opgenomen (blz. 133-146).
Verwant aan hetgeen hij als student geschreven heeft, zijn Junius' studiën over Ignatius. Eerst verscheen: De zeven brieven van Ignatius, volgens de korte recensie. Uit het Grieksch vert., met aant. (Tiel 1858) en het volgend jaar, naar aanleiding van een prijsvraag, door het Haagsch genootschap uitgeschreven, zijn Onderzoek naar oorsprong en waarde van de verschillende verzamelingen en recensiën der brieven van Ignatius (Tiel 1859), wat de goedkeuring der beoordeelaars niet ten volle kon wegdragen, maar toch door hem in 't licht gezonden werd. J. Steenmeyer schreef naar aanleiding daarvan: Iets over Ignatius en zijne brieven (Arnh. 1859). Bovendien heeft Junius nog geschreven: Leerrede over Gen. 5:5c. Uitgesproken op 19 December 1847 na het overlijden van P. van der Willigen (Tiel 1848). - Geschiedenis en belangrijkheid der lijdensprediking, 2 dln. (Tiel 1853, 1854). - De oorlog in verband met Christendom en beschaving (Tiel 1869). Hij plaatste in Waarheid in liefde een artikel over Het leven en karakter van Flavius Josephus (1863, naar aanleiding van de dissertatie van W.A. Terwogt Jr.) en één over Huiothesie of zoonschap der Christenen (1865), terwijl hij in de Nieuwe Jaarb. v. Wet. Theol. een recensie gaf van de dissertatie van G.J. Snoeck, Introductio in epistolam ad Diognetum. Ook stond hij bijdragen af aan de Tractaatjes voor beschaafde jongelingen, Evangelisch Penningmagazijn, Christelijke Huisvriend, Morgenster, Geloof en Leven, Chr. Album, Theophania.
Junius was den 1en October 1835 te Menaldum gehuwd met Anna Maria Titia Viëtor (1810-1888) die hem één zoon en vier dochters schonk, waarvan twee dochters zich als schrijfster hebben bekend gemaakt, nl. Francisca Johanna Jacoba, gehuwd met W.J. IJzerman (pseud. Annie Foore) en Sophia Margaretha Cornelia, gehuwd met J. van Wermeskerken (pseud. Bella en Johanna van Woude).
Litteratuur: Molhuysen en Blok, N. Biogr. Wdb., VI, 868. - Sepp, Bibl. Kerkgesch., 56, 60, 98, 297. - Ter Haar, Historiogr. der Kerkg., I, 258. - Schotel, Gesch. Heid. Cat., 362. - Herderschêe, De Mod.-Godsd. richt. in Ned., 190. - Alb. Stud. L.B., 1275. - Cat. Doopsgez. Bibl., II, 163. - Cat. Burgersd. en Nierm., no. 7556-7558, 7879.
Auteursrecht onbekend