Januari 1888; zijn weduwe Johanna Maria Joosten (geb. 9 October 1828) overleefde hem nog geruimen tijd en stierf in 1909.
Jonker kon zich niet vereenigen met de in zijn dagen opkomende moderne theologie en gaf daaraan uiting in twee geschriften, nl.: Wie is en waar blijft de Jezus der moderne theologie in Nederland (Utr. 1864) en Het Evangelie van Johannes. Bedenkingen tegen Scholten's kritisch-historisch onderzoek (Amst. 1867). Bovendien gaf hij nog in druk: Liefde tot Jezus, 't eene noodige in den herder Zijner schapen (Dev. 1854). Dit is een leerrede, op 4 December 1853 uitgesproken ter inleiding van zijn schoonbroeder als predikant te Oude en Nieuwe Wetering. - Feestrede ter gedachtenis aan Neerlands verlossing in 1813 (Dev. 1863). - Ontboezeming op het halve eeuwfeest van Neerland's verlossing (Dev. 1863). - Onderzoek naar de betrekking in welke Jezus volgens Zijn uitspraken in de drie eerste Evangeliën, zich bewust was tot God te staan (Utr. 1864).
Litteratuur: Boekz., passim. - Van Alphen, N. Kerkel. Handb., op de aangeh. jaren. - Alb. Stud. Rh.-Traj., 280. - Aangevuld met inlichtingen, mij welwillend verstrekt door Dr. H. Jonker, te 's-Graveland.