zaak voor de Staten gebracht, die het onraadzaam oordeelden Rhynland van predikanten te berooven en het ongeoorloofd achtten leeraren in 's lands dienst bij leening of anderszins te laten vertrekken buiten hun toestemming. Nauwelijks was den 11en Nov. het schriftelijk consent van de Warmondsche gemeente om Hallius te ontslaan overhandigd, of Coolhaes bracht dit schrijven van de Staten in den kerkeraad. De zaak, die vooral voor Coolhaes nog onaangenaamheden tengevolge had, eindigde hiermede dat Hallius bleef.
In 1579 werd Hallius beroepen te Leiden door de stedelijke regeering, die een reglement had ontworpen met de bepaling, dat de kerkeraad voortaan een dubbel getal ouderlingen en diakenen zou voordragen, waaruit zij naar eigen goedvinden de helft zou kiezen. De regeering wilde dit reglement aan de gemeente opdringen, zette alle ouderlingen en diakenen af en beriep Hallius als derden predikant.
Dat Hallius slechts korten tijd te Leiden in dienst is geweest vond zijn oorzaak in een geschil ontstaan tusschen zijn ambtgenooten Coolhaes en Lucas Hespe, dat ten slotte in hoofdzaak liep over de vraag, of zij, die tezamen het Avondmaal gebruiken, precies van hetzelfde gevoelen moeten zijn; Hespe nam dit standpunt in, Coolhaes een tegenovergesteld. Hallius werd nu door dezen laatste tot Hespe gezonden om daaromtrent overleg te plegen en werd tot diens gevoelen overgehaald, waarna beide zich tot Coolhaes begaven om hem terechttewijzen. Deze liet daarbij, zooals hijzelf later erkende, zich al te heftig vooral tegen Hallius uit, en bood zelfs zijn ontslag bij kerkeraad en magistraat in, hetgeen hem echter geweigerd werd. De strijd duurde voort. Coolhaes' tegenstanders brachten de zaak voor den Prins en de Staten. Ook Hallius weigerde na herhaalde klachten ten slotte langer met Coolhaes één gemeente te blijven dienen, en de Prins schreef in Sept. 1581 aan de Leidsche regeering dat de predikanten door anderen vervangen moesten worden. Daarop legde ook Hallius zijn ambt neder.
Hij vertrok daarop naar Amsterdam, waar hij, na gehoord te zijn, den 19en Sept. 1581 met algemeene stemmen beroepen werd en den 12ən Oct. 1581 bevestigd werd en den 2en Oct. 1619 overleed. Hij was van de pestziekte, die bij de heerschende epidemie (1602-'03) ook hem had aangetast, hersteld. In 1614 kreeg hij vanwege zijn hooger leeftijd vrijstelling van weekpredikatiën en anderen arbeid.
Hij was een man, die in het kerkelijk leven zijner dagen op den voorgrond trad en invloed oefende. Zijn rechtzinnigheid werd niet betwijfeld. Meermalen werd hij herkozen tot quaestor classis. Van de N.-Hollandsche synode te Edam 2 Juni 1586 was hij scriba, van die te Amsterdam 30 Mei 1589 assessor, van die te Amsterdam 19-26 Juni 1595 en 18 Juni 1601 praeses. In Juli 1603 vertegenwoordigde hij de N.-Hollandsche synode bij de Geldersche synode te Harderwijk, gelijk hij bij herhaling als synodaal afgevaardigde optrad.
Toen den 28en Sept. 1612 in den Haag een vergadering werd gehouden van Contra-Remonstranten om voor de Synode-Nationaal ruggesteun te vinden van de groote meerderheid in de Staten-Generaal en van de beide Stadhouders, was ook Hallius daarbij tegenwoordig en met Fontanus en Baudart verkreeg hij bij die gelegenheid een particuliere audientie bij 's Lands Advocaat. Ook in dergelijke bijeenkomsten 17 Sept. 1613 en 17-19 Sept. 1615 te Amsterdam was Hallius, gelijk te verwachten was, present.
Evenals in een vergadering in 1616 aldaar gehouden, om naar eenig middel van
Auteursrecht onbekend