Amersfoort geboren en blijkens de lijst der oudsten, in Ned. Arch. K.G., N.S., dl. XI, blz. 344 opgenomen, in 1559 door Dirk Philipsz tot oudste bevestigd. Eerst was hij voorganger van de Vlaamsche gemeente te Hoorn, maar nadat hij in 1567 mede-afgevaardigde was geweest, om uitspraak te doen over den twist, tusschen Friezen en Vlamingen in Friesland over het z.g. ‘Verbond der vier steden’ ontstaan (zie Doopsgez. Bijdr., Jaarg. 1893, blz. 1 vv.), werd hij, omdat de Noordhollandsche Sociëteit, waartoe hij behoorde, de partij der Friezen koos, leeraar der Vereenigde Hoogduitsche en Friesche gemeente te Hoorn. Zijn later aangewende pogingen tot verzoening der partijen bleven zonder gevolg.
Omstreeks 1578 begon Lubbert Gerritsz tot zachtere begrippen over te hellen op het punt van ban, echtmijding en buitentrouw en deed reeds in dat jaar vanwege de Friesche gemeenten in Noord-Holland een ‘vredes-presentatie’ aan de Vlamingen. Deze gevoelens hadden echter ten gevolge, dat hij in 1589 door de meer strenggezinden werd gebannen en het hoofd werd eener nieuwe, vrij talrijke partij, die der Jonge of Zachte Friezen. Hij vertrok als leeraar naar Amsterdam, waar hij in 1591 zijn Verantwoordinghe op die seven Artyckelen, daer hij om gebannen is, uitgaf. In datzelfde jaar op den 1en Mei kwam een vereeniging van zijn aanhang en de Hoogduitschers tot stand; één of twee jaar later traden ook de Waterlanders te Amsterdam, vervolgens die van andere plaatsen, eindelijk den 11en Augustus 1609 ook die van Haarlem, tot het broederverbond toe.
In 1597 poogde de Gereformeerde kerkeraad te Amsterdam den magistraat over te halen, Lubbert Gerritsz tot een twistgesprek te dwingen, dat hij reeds driemaal geweigerd had, maar het verzoek werd, vooral ook door den invloed van burgemeester Cornelis Pietersz. Hooft, die gewetensdwang vreesde, afgeslagen. Gerritsz, die na 1604 alleen bij de Waterlanders schijnt dienst gedaan te hebben, poogde in die dagen nog met vele Friezen, Hoogduitschers en Waterlanders, een toenadering met de Vlamingen tot stand te brengen door middel van een Brief, om overghelevert te worden aen de Leraren der Vlaemsche Mennoniten, Anno 1604 in Majo te Amsterdam vergadert (Amst. 1604, herdrukt in 1613). Doch dit mislukte, vooral door toedoen van Claes Ganglofs (zie boven i.v.), die daartegen een Antwoord enz. schreef (1605). Gerritsz overleed in 1612, oud 77 jaar, den naam nalatend van een ijverig en vredelievend man. Meer welmeenendheid en verlangen naar eensgezindheid dan dichterlijke gaven blijken uit zijn
Verzaamelinge van zommige aandachtige, en leerachtige geestelijke Liedekens en Psalmen Davids, uit eenige Boeken, die te vooren gedrukt zijn, te zaamen gevoegd, met noch eenige nieuwe Liedekens, die nooit in druk geweest zijn, dewelke tot Gods eere zoo wel in 't vergaderen der predicatien als in 't scheiden gezongen moogen worden (Amst. 1597), waarbij gevoegd zijn: Twee Brieven aan de Gemeente Gods in Pruissen.
Verder gaf hij een
Lied of gezang (Amst. 1598), waarin hij klaagt over de oneenigheden der Mennonieten om kleinigheden, en het daardoor ontstane bannen.
Sommighe Christelijcke Sendt-Brieven ghesonden aen diversche ghemeenten: ook aen eenige particuliere personen enz. (Amst. 1599), met zijn toestemming door een vriend uitgegeven. Deze brieven zijn herdrukt te Amsterdam in 1611, terwijl daaraan nog Vier brieven ende een Tractaet van de Uytterlijcke kercke werden toegevoegd, terwijl de derde druk te Haarlem in 1646 uitkwam.