1742 art. 11; 1743 art. 11. Langdurig en breedvoerig vinden we nog over zijn persoon gehandeld in de part. Z. Holl. synode van 1744 art. 1. Om de aangelegenheid te onderzoeken, werd bij deze gelegenheid door den praeses synodi ds. Verster een commissie benoemd, bestaande uit de heeren: ds. Themmen (correspondens uit Groningen), ds. v.d. Kemp (deputaat), Kloek, Ruysch en prof. v.d. Honert (afgevaardigden ter syn. vergadering en v. Rooyen, (ouderling-afgevaardigde). Bij monde van prof. van den Honert, brachten zij een zeer uitvoerig rapport uit en het oordeel was, dat de aangestelde commissieleden ‘onder verbeetering’ oordeelden, dat ‘verdere barmhertigheid omtrent ds. van Eerbeek’ zou wezen ‘onbarmhertigheid tegen de kerk, en dat hij daerom na sijnen mont geoordeelt, en dienvolgens van den predikdienst gedeporteerd behoorde te worden.’ Met dit praeadvies vereenigde zich de synode en ze besloot ds. Eerbeek te deporteeren, wat dan ook gebeurd is. Duidelijk blijkt uit de stukken, dat afwijkende gevoelens in zake de kerkleer, tot dit deportement hebben geleid.
Bij het begin van de oppositie tegen hem, verscheen: Apologie ofte verantwoordinge van J. van Eerbeek .... gedaen voor de classis van Bueren op de beschuldigingen .... tegen sijn eerw. ingebragt en aangenomen op 't .... classis voorn., verstrekkende tot een staaltje van den heedend. toestant onser kerken. Uytgeg. door een voorstander der herv. waarheyt en ongeveynsde vroomheit. Te Culemb. 1738. In dit boekje komen de tegen v. Eerbeek ingebrachte beschuldigingen voor.