Ontwikkeling en karakterisering
Moltzer was een leerling van Matthias de Vries, die hij levenslang bleef bewonderen en in wiens voetsporen hij
werkte. Toen hij in 1864 hoogleraar werd in Groningen, had hij behalve met zijn dissertatie weinig van zich laten
horen. De benoeming van Moltzer, waarbij onder andere Jonckbloets kandidaat Van Vloten werd gepasseerd,
leidde tot een verwijdering tussen Jonckbloet en De Vries. Ondanks dit onaangename begin van zijn loopbaan
heeft Moltzer zijn ambt met gezag en toewijding vervuld. Hij hield zich bezig met taal- en letterkunde, van zowel
de Middeleeuwen als de tijd daarna. Hij verzorgde kritische uitgaven van een aantal tot dan toe onuitgegeven of
alleen in verouderde edities beschikbare Middelnederlandse werken, waaronder de Floris ende Blancefloer
en de Brandaan naar een vijftiende-eeuws prozahandschrift. Het toneel had zijn voorliefde. Zijn belangrijkste
werk is de uitgave van alle op dat moment bekende Middelnederlandse wereldlijke en een aantal geestelijke
toneelstukken in De middelnederlandse dramatische poëzie (1875). In de inleiding van dit werk
verdedigde hij de opvatting dat het Middelnederlandse wereldlijke toneel onafhankelijk van het geestelijke was
ontstaan.
Hoewel de Middelnederlandse letterkunde zijn belangrijkste werkterrein was, heeft Moltzer zich ook
beziggehouden met historische taalkunde, met esthetica en met letterkunde van de zeventiende, achttiende en
negentiende eeuw. In zijn inaugurele rede van 1865, De nieuwe richting in de taalkunde, pleitte hij voor
het hanteren van een methode van onbevooroordeelde observatie, gebaseerd op de uitgangspunten van de
natuurwetenschappen. Uit deze rede blijkt dat de historisch-vergelijkende grammatica in Nederland vaste voet
aan de grond had gekregen. Op het gebied van de letterkunde na de Middeleeuwen verzorgde Moltzer uitgaven
van Bredero's Moortje en De Spaanse Brabander. Een curiosum is zijn editie van de brieven van Willem
en Onno Zwier van Haren, in zijn Hareniana (1876). In zijn nagelaten rede Het kunstbegrip der Nieuwe
Gids-school spreekt hij zijn waardering uit voor veel van de literatuur van de tachtigers, maar verzet hij zich
tegen de neiging tot onbegrijpelijkheid van de nieuwe literatoren. Naast deze werken schreef hij vele
tijdschriftartikelen en recensies in verschillende tijdschriften. Hij was sinds 1885 lid van de Koninklijke
Akademie van Wetenschappen en buitenlands erelid van de Koninklijke Vlaamse Akademie.
Moltzer is een omzichtig en precies tekstuitgever, die zijn veranderingen ten opzichte van het
handschrift nauwkeurig verantwoordt en die zijn inzichten weet te verwoorden in heldere, goed leesbare
inleidingen. Zijn publicaties lijken in hoge mate gestuurd te zijn door wat hij tijdens zijn colleges behandelde. Als
docent bereidde hij zich zeer goed voor en ging hij vriendschappelijk met zijn studenten om. Hij wordt
gekarakteriseerd als een beminnelijk mens en een toegewijde vriend.