Wetenschappelijke ontwikkeling en karakterisering
Een van de Latijnse stellingen die Jonckbloet bij zijn Specimen (zie boven) voegde, luidde dat er geen waarde gehecht mocht worden aan de uitspraak die Balthazar Huydecoper in 1772 deed: dat het, met uitzondering van Jan van Heelu, voldoende was van onze oude dichters slechts enkele fragmenten te bewaren. Dit idee zou de rode draad worden die door zijn wetenschappelijke leven zou gaan lopen, samen met zijn streven de (medio)neerlandistiek een meer professioneel karakter te geven. Bij dit laatste vormde zijn benoeming tot hoogleraar in de Nederlandse letterkunde te Leiden (187) een belangrijke mijlpaal. W.J.A. Jonckbloet werd in feite de grondlegger van het vak.
Vanaf 1843 was Jonckbloet, samen met o.a. M. de Vries, P.J. Vermeulen, P. Leendertz en J. Tideman betrokken bij de Vereeniging ter bevordering der oude Nederlandsche letterkunde. De leden van deze vereniging beijverden zich voor het verzorgen van uitgaven van belangrijke handschriften en oude drukwerken. Geheel in deze geest waren Jonckbloets eerste publicaties dan ook tekstedities: Huygens’ Cluys-werck en de Beatrijs (beide 1841), Dietsche Doctrinael (1842), Roman van Karel de Groote en zijne XII pairs (de Roman der Lorreinen, 1844), Dietsce Catoen (1845), Roman van Walewein (2 dln., 1846-1848) en de Roman van Lancelot (2 dln., 1846-1849). Zeven tekstedities in zes jaar, waaronder de editie van de vele verzen tellende Lancelot-compilatie, daarnaast een aantal boekbesprekingen waaronder ten minste één geruchtmakende (zie onder), getuigen van de enorme werkijver van Jonckbloet. Hierna achtte hij, getuige het voorwoord bij de editie van Beatrijs en Carel ende Elegast (1859), de tijd gekomen het editoriale werk over te laten aan anderen en legde hij zich toe op het schrijven van de geschiedenis der Nederlandse letterkunde. In de periode 1851-1855 waren al de drie delen Geschiedenis der Middennederlandsche dichtkunst verschenen; tussen 1868 en 1872 verscheen Jonckbloets grootste werk: Geschiedenis der Nederlandsche Letterkunde (2e omgewerkte druk 1873-74; 3e druk 1881-86, wederom omgewerkt en uitgebreid van twee naar zes delen).
De beide inaugurele redes die hij hield (Deventer, februari 1848, en Groningen, maart 1854) zijn duidelijke standpuntbepalingen. In zijn rede van 1848 fulmineerde Jonckbloet heftig tegen het onwetenschappelijke karakter van de studie der Nederlandse taal tot nu toe; hij spreekt onder andere van ‘oppervlakkig dilettantisme’; in 1854 pleitte hij voor een nieuwe, maar nu op wetenschappelijke wijze, bestudering van de bronnen. Het lijkt of zijn inspanningen uiteindelijk beloond werden: in zijn derde inaugurele rede, aan de Universiteit van Leiden, waar Jonckbloet vanaf 1877 de eerste leerstoel Nederlandse letterkunde zou bekleden, constateerde hij dat de studie van de Nederlandse taal- en letterkunde ‘met den stempel der wetenschap is geëikt’ en bevrijd ‘van het sollen der onwetenschappelijke liefhebbers’. Eerder nog dan in deze redes had Jonckbloet een nadrukkelijk standpunt ten aanzien van het vak ingenomen in zijn bespreking – over het algemeen beschouwd als vernietigend - van het Handboek (1845) van professor B.H. Lulofs, in De Gids van 1846. Voornaamste geschilpunt tussen de opvattingen van Lulofs en Jonckbloet blijken beider opvattingen over het tijdstip van aanvang van de Middelnederlandse letterkunde. Lulofs zocht dat tijdstip in de tweede helft van de dertiende eeuw (met Jacob van Maerlant), terwijl Jonckbloet die aanvang veel vroeger stelde, iets waaraan heden ten dage niet meer getwijfeld wordt.