April 1811 te Banjoewangie aanlandde. Van deze plaats reisde hij met dien landvoogd, die hem aan zijn staf toegevoegd en met de functiën van particulier secretaris belast had over land naar Buitenzorg en vervolgens naar Batavia, waar op den 16den Mei 1811 de plegtige overgave van het bestuur door Daendels aan Janssens, in tegenwoordigheid van Baud plaats had. Kort na zijn aankomst verkreeg hij zijn ontslag als zeeofficier en werd als commies ten gouvernements secretarie aangesteld met behoud zijner functiën van particulier secretaris van den gouverneur-generaal, welke betrekkingen hij waarnam tot de overgave van Java aan de Engelschen.
Baud werd in November 1811 benoemd tot chief assistant in the translators office en, bij de intrekking van dat bureau, tot hoofdcommies ter secretarie van het gouvernement. In Augustus 1813 deed hij aan boord van de ‘Admiraal Drury’ als supercarga eene reis naar China en Kamschatka, die ongelukkig afliep.
Na zijne terugkomst, bood hij op nieuw zijne diensten het bestuur aan, dat hem in 1814 aanstelde tot first assistant in the secretary's office at Batavia. In deze betrekking werkte hij, onder de bevelen van de secretarissen van het Britsch bestuur, en was hij o.a. ook belast met het registreren der Public Recordings van den luitenant-gouverneur in Rade, zoodat hij zich met al de handelingen van dat regeringscollegie kon bekend maken.
Toen in 1816 het eiland Java weder aan Nederland was gekomen, werd Baud door den gouverneur-generaal baron van der Capellen tot gouvernements-secretaris aangesteld.
Bij de inwijding der hooge regering van Nederlandsch-Indië werd hij aangesteld tot algemeene secretaris en werkte in die veelomvattende betrekking ijverig mede om eene regelmatige uitvoering te geven aan de bij het regerings-reglement van 22 December 1818 aangenomen beginselen van bestuur.
Na een tienjarig verblijf op Java, keerde Baud in Aug. 1821 naar het vaderland terug met zijne echtgenoote Wilhelmine Henriette Senn van Basel, met welke hij den 17den Augustus 1815, gehuwd was en hem drie kinderen schonk.
Te 's Hage gevestigd, benoemde Willem I hem tot lid en secretaris der commissie, belast met het ontwerpen der artikelen van overeenkomst, waarop die vereeniging, later bekend en beroemd onder den naam van Nederl. Handelmaatschappij werken zou. Hierop werd hij directeur voor de Oost-Indische zaken bij het departement van nationale nijverheid en koloniën. Den 6den September 1832 vertrok hij, aan boord der ‘Prinses Marianne’, als vice-president der Indi-