De statu animae post mortem, Lugd. Bat. 1598. 4o.
Méthode des lieux communs de la sainte Ecrit, Leide, 1599. fol.
Amiable confrontation de la simple vérité de Dieu, Leide, 1599. 4o.
De ecclesia liber singularis, Genev. 1600. 8o.
Disputationum theol. repetitarum 55, de ministerio ecclesiastico. Lugd. Bat. 1600. 4o.
Oratio panegyrica de ratione academiarum, Lugd. Bat. 1600, 4o.
Animadversiones ad controversiam I christianae fidei, quam Bellarminus exaravit adv. hujus temporis haereticos, 1600-1608. 8o.
De sacramentis in genere, Lugd. Bat. 1601 et 1602. 4o.
De resipiscentia, Lugd. Bat. 1602. 4o.
Animadversiones ad Bellarminum de translatione imperii Romani ad Francos, 1602. 8o.
Two letters to the english church at Amsterdam, Lond. 1602. 4o.
De aeterna Dei praedestinatione, Lugd. Bat. 1602. 4o.
De Justificatione hominis coram Deo, Lugd. Bat. 1602. 4o.
Opera theologica exegetica et elenctica, edita curis Francisei filii, cum praefixa authoris vita et narratione obitus. Genev. 1607. fol. 2 tom.; 1613. fol. 2 tom.
Commentarius in Ezechielem prophetam, Genev. 1609. fol. 1610. 8o.
Verclaringhe van twee vraghen, door D. Franciscus Junius. De eerste van de over-een-cominghe ende het onderscheyt der Politycke ende Kerckelycke bedieninghe. De tweede, van het Recht des Magistraets in de sichtbare kercke. Vertaelt ende ghestelt teghen het wel-sprekent, doch verwardt Tractaet van Joh. WtenBogaerdt, Amst, 1610.
Den vreedsamen christen of van de vrede der catholycke kercke..... overgezet, verkort, ende met aanteeckeningen verryckt door Joh. de la Haye, Delft, 1612. 4o.
Disquisitio ad Petri Baronis Summam, Hard. 1613. 8o. De conciliis, synodis et synodalibus judiciis, Franeq. 1614. 8o.
Zie F. Gomari, Oratio in Obitum F. Junii, Lugd. Bat. 1602; Meursius, Alma acad, Leid. p. 36; Vossius, de hist. Latin. in de Praefat.; Bor, Ned. Oorl. het reg. op Franciscus; Bayle, Diction. hist. et crit. T. III. p 510-515; Saxe, Onom. Literat. T. III. p. 555; Niccron, Memoir. T. XVI. p. 171; Brandt, Hist. der Reform. het reg. op Franciscus; Soermans, Acad. Regist. bl. 34, 72; Regenbogen, Hist. der Remonstr. D. I. bl. 63; Hoogstraten, Woordenb.; Kok, Vaderl. Woordenb.; Levensbeschr. van Ned. Mann. en Vrouw. D. VI. bl. 136, van Kampen, Gesch. der lett. en wetensch. D. I. bl. 293; Ypey en Dermout, Gesch. der Ned. Herv. Kerk, D. I. bl. 173, 179, 305, Aant. bl.