Grenoble begeven, het bestuur des bisdoms aan zijnen broeder Robert van Arkel, heer van Asperen, overlatende. Dit was echter zeer tegen den zin van den graaf van Holland, die na den dood van bisschop Jan van Diest, tot regent van het sticht was aangesteld en door den keizer als zoodanig bevestigd was. Deze deed dien ten gevolge het sticht den oorlog aan, en kwam op den 11den Julij 1345 het beleg voor Utrecht slaan. Deze belegering duurde vijf weken, in welken tijd de bisschop herwaarts kwam en door bemiddeling van Jan van Henegouwen, heer van Beaumont, met den Hollandschen graaf een bestand trof, waarna het beleg werd opgebroken. Na den kort daarop gevolgden dood van graaf Willem IV sloot zijne zuster, vrouw Margaretha, die met keizer Lodewijk gehuwd was, een nader verbond met bisschop Jan voor den tijd van twee jaren. Na het eindigen van hetzelve vatte laatstgenoemde, in 1347, andermaal de wapens tegen de Hollanders op, bemagtigde Eemnes en Oudewater en behaalde bij Schoonhoven eene overwinning. Andermaal sloot men een bestand, hetwelk tot 1350 moest duren. Intusschen was de schatkist ten eenemale uitgeput en bisschop Jan besloot zich, zuinigheidshalve, naar Frankrijk te begeven. De voogden, die hij over het sticht had aangesteld, maakten echter den schuldenlast nog grooter dan die was, zoodat de terugkomst des bisschops dringend gevorderd werd. Hij kwam dan ook in 1351 terug, en bragt toen in drie jaren tijds niet alleen de geldmiddelen van het sticht op eenen veel beteren voet, maar stelde ook zijne schuldeischers tevreden, bragt de sloten, welke verpand of bemagtigd waren, onder zijn gebied terug en had zijne meeste vijanden overwonnen, beteugeld of vrede met hen gemaakt.
Nieuwe oorlogen ontstonden echter. In 1360 ondernam hij een krijgstogt tegen de Stelling- en Schoterwerver Friezen, die hij in 1361 tuchtigde en tot onderwerping bragt. In laatstgenoemd jaar ontstonden ook de vijandelijkheden met Sweder van Voorst, waarover wij op diens artikel nader kunnen uitwijden, en die in 1363 eindigden. Alles bragt Jan van Arkel echter tot een goed einde, en de belangen van zijn bisdom vonden dan ook in hem een onvermoeid strijder. Zoo zeer stond hij in de gunst van keizer Karel IV, dat deze al de oude voorregten der Utrechtsche bisschoppen bevestigde, en hem niet alleen vergunde in Salland en Twenthe eenen vrijstoel of regtbank van vrijgraaf en vrijschepenen op te rigten, maar hem en zijne opvolgers ook vrijheid gaf, om, zelfs buiten toestemming der kapittels, in alle steden en plaatsen van het sticht gouden en zilveren munten te slaan, van dezelfde waarde als de Roomsch- keizerlijke munten. Van dit keizerlijk gunstbewijs smaakte de dappere kerkvoogd niet de vruchten, daar hij op den 14den April 1364 door paus Urbanus V tot bisschop van Luik werd verheven. Hier voerde hij nog veertien jaren