Over het algemeen geldt dit boek als de eerste Nederlandse homoroman na de meer bedekte werken De kleine republiek van Lodewijk van Deyssel (1889) en Noodlot van Louis Couperus (1891). Pijpelijntjes is een naturalistische roman over Sam en Joop, die een moeizame, kuise verhouding hebben. Centraal staan hun belevenissen met buren, hospita's, hoeren, schelmen en schandknapen in de Pijp en elders in Amsterdam. Het boek is opgedragen aan De Haans mentor Arnold Aletrino, de schrijver, arts, criminoloog en seksuoloog die herkenbaar in het boek voorkomt als de biseksuele en sadistische Sam. Joop daarentegen staat voor de schrijver zelf - het personage deelt De Haans roepnaam in het dagelijkse leven zoals Sam die is van Aletrino.
Met schetsen van het volksleven uit de Pijp doet Pijpelijntjes zeer anekdotisch aan. Daarnaast loopt door de roman een heel strakke homoseksuele hoofdlijn, die radicaal is omdat De Haan de vloer aanveegt met alle clichés over homoseksualiteit die rond 1900 dominant werden. Zo is homoseksualiteit geen vastliggende ‘geaardheid’, maar kiest Sam aan het eind van de roman voor een vriendin, gaat hij trouwen en raakt hij van zijn sadisme af. Joop vraagt zich daarentegen af of hij niet met zijn vriendje Koos zal trouwen, waarmee De Haan al heel vroeg in de twintigste eeuw een homohuwelijk suggereert. Aan het eind van Pijpelijntjes sterft Sam, die net hetero geworden is, en niet Joop, die homo blijft. Daarmee druist De Haan in tegen een verwachtingspatroon: men was uit contemporaine homoromans gewend dat de homo door ziekte of zelfmoord te vroeg het leven liet.
Pijpelijntjes veroorzaakte een schandaal. Aletrino kocht met De Haans verloofde direct alle vindbare exemplaren van de roman op, om zo reputatieschade te voorkomen. Hij had altijd volgehouden dat het bestuderen van homoseksualiteit niet betekende dat je homoseksueel was en wilde zijn straatje schoon houden. Het dagblad Het Volk van de Sociaal-Democratische Arbeiders Partij ontsloeg De Haan als redacteur van de kinderpagina en de gemeente Amsterdam ontsloeg hem als onderwijzer. De Haan verzette zich fel met een pamflet tegen P.L. Tak, hoofdredacteur van Het Volk en voorzitter van de SDAP. De steun die hij zocht bij de Tachtigers kreeg hij echter niet. Zij schrokken zich wezenloos van zo'n openlijke homoroman.
De Haan herschreef zijn roman met nieuwe namen voor de hoofdpersonen zonder opdracht aan zijn mentor en ging koppig door met zijn homowerk. Hij publiceerde een kort verhaal over de verkrachting van Jezus op verzoek van Satan (in De Haan 1983) dat een vergelijking kan doorstaan met Reves roemruchte neukscène met God als ezel. Zijn tweede homoroman Pathologieën (1908) heeft naast sadomasochisme ook incest als onderwerp. Dit is meer een decadente dan een naturalistische roman, waarin een onstuimige liefdesaffaire eindigt in een afgedwongen zelfmoord.
In beide romans komt het op dat moment nieuwe woord ‘homoseksueel’ niet voor. De Haan gebruikte de term wel in zijn correspondenties en verwees in Pijpelijntjes naar toenmalig homoonderzoek. Ook begrippen als sadisme en pedofilie hanteert hij niet. De romans zijn te lezen als een kritiek op nieuwe seksuologische begrippen en inzichten, zoals die mede door Aletrino werden ontwikkeld. Die kritiek uit De Haan in een taal die niet zwaar, maar luchtig is. Als alternatief voor moderne woorden zijn er ouderwetse, zoals ‘vreemd jongensvoelen’, ‘schandjongen’ en ‘sodemietersch snolletje’. De Haan nam een ongeliefd onderwerp, behandelde dat tegendraads en zette de erotiek van de literatuur in tegen de zogenaamde feiten van de wetenschap.
De Haan wilde met zijn tijd meegaan, maar werd afgewezen door al wat modern was. De socialisten ontsloegen hem; de wetenschap liet hem vallen in de persoon van zijn vriend Aletrino, en voor de Tachtigers ging zijn werk te ver. De kritiek op zijn homoromans was niet mals en zijn