In 1559 verklaarden deze, dat zij Maria van Lotharingen niet langer als regentes erkenden, terwijl Maria Stuart en Frans van Valois intusschen op den troon in Frankrijk zaten. Na den spoedigen dood van haar gemaal, liet zijn moeder, Catharina van Medicis, het Maria graag voelen, dat het met haar invloed gedaan was. Haar onwettige broeder, James Stuart, verzocht zijn zuster namens het Schotsche Parlement naar haar rijk terug te keeren, zoo zij daar den Protestantschen godsdienst wilde handhaven. In Schotland waren het weldra slechts de groote Hervormer John Knox en een klein deel getrouwe volgelingen, die zich niet lieten vangen door de betoovering, die van Maria uitging. Haar grootste zwakheid was haar onoverwinnelijke hunkering naar bewondering en genegenheid. In de tragische verwikkelingen van haar leven was een plotselinge uitbarsting van lang onderdrukte sexueele hartstocht een minstens even belangrijke factor als de politiek. Op het psychologisch moment kwam Darnley. Hij werd haar man. Haar verhouding tot dien dommen, doldriftigen lafaard bracht haar niets van wat zij gehoopt had. De Protestanten, opgehitst door Elizabeth, die haar gunsteling Leycester aan Maria had willen opdringen, hadden gepoogd haar huwelijk met geweld te beletten, doch zij dempte den opstand. 1566 zag den moord op haar secretaris Rizzio, wiens trouw den jaloerschen ‘koning’ aanzette den Italiaan koud te maken. Er zou een dag komen, waarop men Maria's zoon, Jacob VI, later Jacob I van Engeland, in het openbaar lasterde, door hem zijn beweerde afkomst van den privaat-schrijver voor de voeten te werpen. Nog in 1566 werd Maria de maîtresse van graaf Bothwell, een onverzadelijk eerzuchtige, terwijl Darnley te Glasgow door de pokken aangetast werd. De koningin bracht haar man in een eenzaam, gelegen huis buiten den stadsmuur van Edinburg, bekend als de Kirk O'Field. In den nacht van 9 Februari 1567 vloog het huis door een kruitontploffing in de lucht.
Darnley was vooraf vermoord.
Als een film trekken de verschillende episodes uit het leven van de schoone, ongelukkige Maria Stuart aan ons voorbij, maar het beeld, dat ons haar weergeeft als de echtgenoote, welke haar berouwvollen, zieken, weerloozen man, die haar zijns ondanks vertrouwt, met een vriendelijk gelaat aan zijn moordenaars, onder leiding van Bothwell, in handen speelt, vertoont de trekken van een duivelin.
Door de openbare meening voor de rechtbank gedaagd, werd Bothwell door de jury, zijn vrienden en partijgangers, vrijgesproken. Maria leefde die dagen in een bijna hypnotischen toestand. Zij sloot op 15 Mei 1567 haar huwelijk met den laaghartigen Bothwell, die haar als een tyran behandelde. Doelbewust stapte zij in den afgrond. Een geheimzinnige, begeerige hartstocht joeg