van de gevolgen van het besluit om de grenscontroles aan de binnengrenzen op te heffen. Ambtelijke werkgroepen maakten de regeringsleiders al ras duidelijk dat het opheffen van de binnengrenscontroles zou moeten leiden tot een gezamenlijk visumbeleid, afspraken over politieoptreden over de grenzen heen, aanpassingen op de luchthavens en een gemeenschappelijk vluchtelingenbeleid. Het Tweede Akkoord van Schengen uit 1990 is aanzienlijk uitgebreider dan het Akkoord uit 1985 en bevat een groot aantal bepalingen wat asiel betreft. Het aantal landen dat zich aansloot bij Schengen is voortdurend gestegen. Uiteindelijk werden alle lidstaten van de latere Europese Unie lid, met uitzondering van Groot-Brittannië en Ierland. Ook Noorwegen en IJsland, die geen lid zijn van de Europese Unie, sloten zich bij Schengen aan.
Het gezamenlijk asielbeleid van de Schengenstaten kwam erop neer dat een asielzoeker maar in één land asiel zou kunnen aanvragen en niet naar een ander land zou mogen gaan na afwijzing van zijn asielverzoek. Als een land kan aantonen dat iemand al eerder een verzoek in een andere Schengenstaat heeft ingediend, kan de asielzoeker naar dat land worden teruggestuurd. Om dat te controleren worden de gegevens van afgewezen asielzoekers opgeslagen in het Schengen Informatie Systeem (SIS), zodat de autoriteiten kunnen nagaan of iemand al elders asiel heeft aangevraagd. Het registreren van afgewezen asielzoekers is overigens niet de enige taak van het SIS.
Op het hele systeem van de verdragen van Schengen is veel kritiek gekomen. De Europese Commissie en het Europese Parlement waren woedend, omdat zij geheel buitenspel waren gezet. De akkoorden van Schengen waren immers verdragen tussen de staten onderling, waarover de Europese instellingen niets te zeggen hadden. Ook de parlementen van de lidstaten hadden kritiek. De parlementsleden merkten tot hun ergernis dat zij nauwelijks wat te zeggen hadden over de inhoud van de verdragen, die de ministers sloten. Uit de kringen van wetenschappers en organisaties van hulp aan vluchtelingen kwam de kritiek, dat alle onderhandelingen over verdragsteksten en uitvoeringsbesluiten in het geheim werden gevoerd. Bovendien maakten de juristen bezwaar tegen het feit dat het Hof van Justitie van de Europese Gemeenschappen in Luxemburg geen uitspraken zou kunnen doen over de verdragen van Schengen, omdat het immers geen recht van de EG betrof.
De ambtenaren merkten dat Schengen toch minder goed werkte dan verwacht. In de praktijk waren landen vaak helemaal niet bereid asielzoekers zoals was afgesproken terug te nemen. Het SIS kende langdurige startproblemen en heeft nog nooit echt goed gefunctioneerd. De asielzoekers zelf hadden binnen de kortste keren door, dat het in hun eigen belang was documenten te laten verdwijnen waaruit zou kunnen blijken