Bij de stichting van het Kapittel werd de keus van tien kanunniken toegewezen aan de gravin van Vlaanderen; van de overige twee aan de bisschop van Doornik, die ook de benoeming deed. De deken werd gekozen door de kanunniken. Tot het Kapittel behoorde een aantal onderhorigen, o.m. een goede twintig kapelaans, die de talrijke kapelanijen in Kortrijk en elders bedienden. Aan het Kapittel behoorde ook het patronaatsrecht over de Sint-Maartenskerk van Kortrijk, over de kerken van Marke en Rollegem, en over de kerk van Sint-Willibrord in Hulst, in Zeeuws-Vlaanderen. Het grootste deel van de inkomsten van het Kapittel kwam van het tiendrecht van Hulster-Ambacht. Gedurende de eerste eeuwen van het bestaan waren vele kanunniken in dienst van de graven van Vlaanderen en hun opvolgers, de hertogen van Boergondië. Bij het Kapittel werd heel vroeg een Kapittelschool gesticht. Onder leiding van een schoolmeester en een zangmeester werden de koorknapen (chorales) en de studenten (scolares) opgeleid in de kennis van de Latijnse taal en andere wetenschappen en in de zang. Deze school, waar vele vooraanstaande musici werden opgeleid, werd door de kanunniken de ‘hoghe schole’ of ‘Sorbonne’ genoemd. Dit was te danken aan het feit dat de meeste kanunniken in de middeleeuwen aan de hogeschool of Sorbonne van Parijs gestudeerd hadden.
Vele vooraanstaanden zijn lid geweest van het Kapittel. Verscheidene werden tot bisschop of aartsbisschop benoemd. Radulf werd bisschop van Sint-Jan-Akers in Palestina, Robrecht de Angello bisschop van Nevers, Quinten Meynaert aartsbisschop van Besançon, Niklaas de Ruytere bisschop van Atrecht, Jan Carrondelet aartsbisschop van Palermo en ten slotte Joost Bouckaert bisschop van Ieper.
Onder de kanunniken waren er talrijke geleerden, vooraanstaande musici (o.m. de beroemde polyfonisten Pierre de la Rue, Pieter Maessins, Eustaas Barbion, Lodewijk de Heilige, van Beringen, Adriaan Thibault, Andries Pevernage en Jacob van der Vaet) en hoge funktionarissen van de graven en hertogen. De grote humanist Erasmus was in het bezit van een halve prebende. De beruchte grote inquisiteur Jan Titelmans was kanunnik en is in de Kapittelkerk begraven.
Bijzondere aandacht werd gevestigd op de wederwaardigheden van het Kapittel gedurende de zes eeuwen van zijn bestaan. In 1302 heeft het ‘grafelijk’ Kapittel zonder twijfel partij gekozen voor de ‘Klauwaerts’. Kerk en Kapittel werden zwaar geteisterd door de Bretonse furie van 1382, toen de stad geplunderd werd en in brand gestoken door de Bretonse huurlingen na de slag van Westrozebeke, waar de Gentse leider Filips van Artevelde omkwam. Hachelijk was ook de toestand van het Kapittel gedurende het bewind van de Gentse Calvinisten van 1578 tot 1580. De kerk werd toen zwaar geteisterd. Gedurende de Franse tijd legden bijna alle kanunniken de beruchte eed van haat aan het koningdom af, wellicht met de hoop dat het Kapittel door die daad niet afgeschaft zou worden en de kerk niet als nationaal goed verkocht zou worden. Ze kwamen er echter bedrogen uit. Het Kapittel - na zes eeuwen bestaan - werd in 1797 afgeschaft. De kerk, tot nationaal goed verklaard (ze was geen parochiekerk), werd voor 600.000 gulden aangekocht door kanunnik Robette en na het Konkordaat van 1802 afgestaan aan de geestelijkheid en kerkraad van de nieuw gestichte parochie van O.-L.-Vrouw. Prachtig hersteld na de ramp van 21 juli 1944, mag ze thans terecht de naam dragen van ‘grafelijke’ kerk.