wetenschappelijk begon de oogsttijd. Met bijdragen als ‘De Honderdjarige Oorlog, traditie en vernieuwing’ (1989) en ‘Ordeverstoring en partijstrijd in laat-middeleeuws Holland’ (1990) zocht hij de breedte, terwijl hij met zijn bijdrage over ‘Het Haarlemse klerkambacht in de 15e eeuw’ (1987) nieuwe diepten verkende. In 1989 was Jan voorzitter van de redactie die de Leidse archivaris Leverland bij diens afscheid eerde met de bundel Uit Leidse Bron geleverd. Zijn eigen bijdrage daarin, over ‘De eerste stadsloterij in Leiden’ sloot aan bij de thematiek van zijn proefschrift, omdat die loterij van 1504 was georganiseerd - in navolging van Haarlem - om met de opbrengst van de lotenverkoop de stedelijke schulden en de daarmee verbonden rentenlast te reduceren. Niet de Leidse, maar de Haarlemse geschiedenis stelde daarna nieuwe uitdagingen. Na enkele losse artikelen over drapeniers in Haarlem en de ontwikkeling van de Haarlemse vroedschap, schreef hij de hoofdstukken ‘De geografische, institutionele en politieke ontwikkelingen’ (pp. 19-45) en ‘Een ontluikende stad: economie en sociaal leven in het middeleeuwse Haarlem’ (pp. 49-62) in G.F. van der Ree-Scholtens e.a. (eds.), Deugd boven geweld. Een geschiedenis van Haarlem, 1245-1995 (Hilversum 1995).
Bijna waren zijn bijdragen in Deugd boven Geweld posthuum verschenen, omdat Jan in november 1993, 's morgens op weg naar zijn werk, met de auto te water raakte in een tochtsloot nabij zijn huis, toen de eerste nachtvorst een vliesje ijs op het water had getoverd èn de weg spekglad had gemaakt. Een oplettende buurvrouw èn de onderkoeling zorgden dat hij het net overleefde. Maar het duurde jaren voor Jan zijn gezondheid en werkkracht weer terug had. Dankzij deze merkwaardige herrijzenis waren de Haarlemse publicaties de opmaat voor wat vanuit de verte een terugkeer naar de Leidse geschiedenis lijkt: in 2002 was Marsilje de eindredacteur van Leiden. Geschiedenis van een Hollandse stad. Deel I. Leiden tot 1575. In deze ‘nieuwe Blok’, die onder verantwoordelijkheid van R.C.J. van Maanen verscheen, verzorgde hij bovendien - naast inleiding en epiloog - de hoofdstukken over ‘Bestuur en rechtswezen’ (pp. 59-94) en ‘Het economisch leven’ (pp. 95-112). Het was echter eerder de bekroning van een voortgaande relatie dan een terugkeer. In zijn werkcolleges bleven Leiden en haar bronnen voortdurend een belangrijke rol spelen en met een artikel ‘Bestonden er in het middeleeuwse Leiden volwaardige gilden?’, Leids Jaarboekje 91 (1999), pp. 48-58, verkende Marsilje een lastig thema uit de Hollandse geschiedenis.
Zo waren de laatste jaren tot en direct na zijn pensionering in 2001 na-