tot op het niveau van de leefwerelden van individuele personen en families. Dat hij het pas in 1986 afrondde lag aan zijn moeilijk bedwingbare neiging steeds meer te willen uitzoeken, de lastige overgang naar het gebruik van computers, zijn vele lezingen en publicaties van artikelen, en zijn met hoor- en werkcolleges drukbezette agenda. Pas toen hij een knie-operatie moest ondergaan en langere tijd uitgeschakeld was, vond hij de rust zijn dissertatie af te ronden.
Behalve de stadsgeschiedenis onderzocht Pim Kooij al vanaf 1975 ook de historische interactie tussen stad en platteland. Daarbij kwam de plattelandsgeschiedenis steeds meer centraal te staan. Met zijn Utrechtse collega dr. Gerard Trienekens verwierf hij in 1987 bij nwo middelen om een vierjarig programma uit te voeren, genaamd ‘Integrale Geschiedenis’, waarin plattelandsgebieden in Brabant en Groningen in de 19de eeuw werden vergeleken. De sociale structuur, huwelijk, sterfte en bevolkingsgroei, door hun kwantificatie goed vergelijkbaar, stonden in de vergelijkingen centraal. Het resultaat was onder meer de veelgeprezen studie Dorp naast de stad. Hoogkerk 1770-1914 (1993).
Nadat Baudet in 1984 als hoogleraar afscheid had genomen ontstonden complicaties. De immer diplomatiek opererende en zorgdragende Pim Kooij nam tijdelijk waar. Het probleem was dat de nieuwe hoogleraar als vanouds primair de economische faculteit moest bedienen. Deze faculteit aarzelde echter een onderzoeker met een sterk sociaal-historisch profiel - zoals de inmiddels als universitair hoofddocent werkzame en in 1986 gepromoveerde Pim Kooij - te benoemen. Uiteindelijk werd de voorkeur gegeven aan de uit Berlijn afkomstige economist Rainer Fremdling die in de jaren 1987-2006 de leerstoel Economische en Sociale Geschiedenis bekleedde. Voor Kooij werd een andere oplossing gevonden. In november 1988 werd hij in de Groningse faculteit van economische wetenschappen vanwege de Stichting Hoger Landbouwonderwijs benoemd tot bijzonder hoogleraar in de economische geschiedenis van stad en platteland (in het bijzonder het Noord-Oosten van Nederland).
Via Jan van de Broek, archivaris van de Groningse archieven, kwam Kooij in contact met Russische onderzoekers van de 19de eeuw. In 1991 startte hij met steun van nwo samenwerkingsprojecten. Het doel was regionale, sociale en demografische ontwikkelingen in de periode voor 1917 in Nederland en Rusland te vergelijken. Historische onderzoekers en archivarissen uit Moskou, St-Petersburg, Tambov and Yaroslavl