tot de mystiek is wellicht de oorzaak te zoeken van zijn jarenlangen vriendschappelijken omgang met Hendrik Niclaes; gunstig heeft hij ook over het geschrijf van Hendrik Jansen Barrevelt geoordeeld, ja zelfs in David Joris' werken niet weinig goeds gevonden. Ook de Roomsche leer is volgens Coornhert niet zonder alle licht der waarheid; in het katholicisme zag hij wat de leer betreft minder gebreken dan in het protestantisme. Zijn eigen denkbeelden over den vrijen wil, de erfzonde en de volmaakbaarheid komen meer overeen met de katholieke leer dan met die der protestantsche kerken en secten. Nog meer echter met de moralistisch-rationeele religiositeit der christelijke humanisten. Ook bij hem ontmoeten wij de hooge waardeering van verstand en wil, evenals het streven den godsdienst zoo veel mogelijk te vereenvoudigen, de leerstellingen tot een minimum terug te brengen of heelemaal af te schaffen. Hij behoort tot de adepten van het universalistisch religieus theïsme, dat zooveel aan het Stoïcisme en Platonisme te danken heeft; Zwingli's bekende woorden over de zaligheid van de ‘vrome’ heidenen worden door Coornhert zes keer aangehaald.
Het oorspronkelijke in Coornhert - naast de kruising van de bovenvermelde richtingen - is zijn perfectisme; alleen van hieruit wordt zijn verhouding tot de geestesstroomingen van zijn tijd duidelijk.
Vijandig staat hij tegenover het libertinisme, dat geen onderscheid maakt tusschen goed en kwaad; fel bestrijdt hij het protestantisme, dat de mogelijkheid ontkent van de volmaaktheid, van het volkomen houden van Gods geboden; en neutraal is zijn positie tegenover het katholicisme - zoolang het geen gewetensdwang uitoefent en geen ‘moorderijen’ bedrijft. Als perfectist - dus ethicus - is Coornhert een geestverwant van de christelijke humanisten, wier moralistisch-rationeele religiositeit hij echter met spiritualistische en mystieke ideeën verbindt. Het spiritualisme - een duchtig wapen in zijn hand - stelt hem in staat de uiterlijke godsdienstigheid als secundair te beschouwen en bijbel en Christus te spiritualiseeren. Het mystieke beleven ten slotte is het einddoel van den naar de volmaaktheid strevenden mensch.
In de discussie stelt Dr. G. Das o.a. de vraag hoe het staat met de verhouding van Coornhert tot Castellio. Prof. Dr. A.A. van Schelven uit twijfel aan de juistheid der voorstelling dat het perfectisme bij Coornhert als het verbindende en eenheid gevende element van zijn gedachten te beschouwen zou zijn. Spreker antwoordt dat Coornhert pas op later leeftijd Castellio heeft gewaardeerd, zoodat men van diens invloed op Coornhert niet te veel mag spreken; hun gedachten hadden groote overeenkomsten. Het perfectisme is naar sprekers meening inderdaad het overheerschende in Coornhert's voorstellingen, indien men de verschillende stroomingen nagaat die in zijn gedachten een plaats bekleeden; hij is voor alles moralist en gelooft in de mogelijkheid goed te zijn. De historicus zou aan een figuur als Coornhert geen recht doen, indien hij diens gedachten alleen beschouwde als een samenstel van heterogene in zijn tijd levende voorstellingen zonder centraal punt.